16.gadsimta 20.gados Livonijā strauji izplatījās baznīcas reformācija. Sākotnēji protestantu sludinātāji guva panākumus pilsētās, vēlāk arī lauku novados un arī pašā ordenī. Vācu ordeņa Livonijas atzaram kā Katoļu Baznīcas institūcijai tie bija ļoti lieli draudi. Pilsētās notika pret Katoļu Baznīcu un bīskapu varu vērstas akcijas. Reformācijai izvēršoties plašumā Pletenbergs izvēlējās mērenu pozīciju un nevēlējās saasināt Livonijas iekšpolitisko situāciju. Livonijas mestrs apzinājās, ka apturēt luterānisma izplatību nav viņa spēkos.

1525. gadā, pēc tam kad Vācu ordenis Prūsijā tika pārveidots par mantojamu hercogisti ar pēdējo lielmestru luterticīgo Albrehtu Hoencollernu kā hercogu, Pletenbergs palika uzticīgs katolicismam un nepieņēma ieteikumu to pašu veikt Livonijā.

1526. gadā, pēc Vācu ordeņa Prūsijā likvidācijas ordeņa Livonijas mestrs atbrīvojās no nominālās atkarības attiecībā pret Vācu ordeņa lielmestru un tika iecelts par Svētās Romas impērijas firstu (grāfu). Pletenbergs gan mēģināja ierobežot luterānisma izplatību un aizkavēt jaunā luterticīgā Prūsijas hercoga Albrehta brāļa Vilhelma Hoencollerna stāšanos Rīgas arhibīskapijas koadjutora (arhibīskapa vietnieka un amata mantinieka) amatā.

1533. gadā Pletenbergs tomēr bija spiests izlīgt ar koadjutoru, vienojoties netraucēt luterānisma izplatību.

1534.gadā landtāgs līgumu anulēja, jo bīskapi bija neapmierināti ar šādu pavērsienu un nevēlējās samierināties ar luterānisma kustības paplašināšanos, taču tas luterticības izplatīšanos Latvijas teritorijā tas vairs nespēja aizkavēt. Izņēmums bija 3 desmitgades vēlāk Latgalē, kuru Ordenis nodeva tiešā Lietuvas (vēlāk Polijas) valdījumā, lai tās nodrošinātu kādreizējās Livonijas austrumu robežu aizsardzību  pret nemitīgajiem Maskavijas iebrukumiem.