Vagris ir dzimis 1930. gadā Naudītes pagastā.

1955. gadā absolvējis Latvijas universitāti un vēlāk arī PSKP CK Augstāko partijas skolu.

Sākotnēji strādājis Jelgavas mašīnbūves rūpnīcā

1958. gadā iestājies komunistiskajā partijā.

Laikā no 1966. līdz 1973. gadam Liepājā ieņēmis pilsētas partijas komitejas pirmā un otrā sekretāra amatus..

Kopš 1973. gada bija LKP centrālās komitejas loceklis,

1978. gadā iecelts Rīgas pilsētas partijas komitejas pirmo sekretāru.

Kopš 1985. gada – LPSR Augstākās Padomes priekšsēdētājs

No 1988. gada 4. oktobra LKP CK pirmais sekretārs, šajā amatā nomainot Borisu Pugo, kurš tika pārcelts uz Maskavu.

1989. gada viņš tika ievēlēts PSRS Tautas deputātu padomē. 

Trīs dienas pirms Tautas frontes dibināšana kongresa, 1988. gada 7. oktobrī, Mežaparkā uzstājies vismaz 100 tūkstošu cilvēku klātbūtnē manifestācijā “Par tiesisku valsti Latvijā”. Kaut arī daudzi cilvēki viņu sākotnēji bija gatavi izsvilpt, Vagra vārdi: “Es neko sliktu latviešu tautai neesmu darījis” dalībniekiem lika šo runu noklausīties līdz galam. Vagris ar savu klātbūtni un nostāju nospēlēja ļoti būtisku lomu turpmākajos notikumos, ar klusējošu piekrišanu dodot iespēju Tautas frontei uzņemt vērienu un miermīlīgā ceļā pārņemt valstī varu.

Kaut arī vēl 1989. gada februārī speciālā ziņojumā viņš informējis Maskavu, ka, gadījumā ja Tautas fronte uzvarēs vēlēšanās, tad viņi var pacelt jautājumu par neatkarības atjaunošanu, tomēr par viņa nopelnu tiekot uzskatīts tas, ka nenotika vardarbīga izrēķināšanās ar LTF jau kustības rašanās sākumā.

Maskava uz Vagra neitralitāti reaģēja, par Latvijas PSKP CK pirmo sekretāru ieceļot Alfrēdu Rubiku, kura darbība jau pārgāja vardarbīgā PSRS interešu aizstāvēšanā Latvijā. 

Pēc vairuma tā laika atmodas aktīvistu domām, Vagra loma atmodas procesos tomēr ir bijusi drīzāk pozitīva nekā negatīva.

Pēc neatkarības atgūšanas Vagris no liekas publicitātes izvairījās.

2010. gadā apbalvots ar IV šķiras Triju zvaigžņu ordeni, 

Krievu okupācijas laikā bija viņš bija saņēmis Oktobra Revolūcijas un divus Darba Sarkanā Karoga ordeņus