LKP CK plēnumā 1959. gada 25. novembrī no amatiem atkāpās Jānis Kalnbērziņš un Vilis Lācis.

Par LKP CK pirmo sekretāru kļuva visa latviskā noliedzējs Arvīds Pelše. Viņa pozīcijas galīgi nostiprināja LKP 17. kongress 1960. gada februārī, kurā LKP CK un biroja sastāvs būtiski mainījās. Pēc tam kadru nomaiņa Latvijā sākās ar īstu spēku un turpinājās līdz pat 1962. gadam.

Amatus zaudēja vairāki ministri, CK nodaļu vadītāji, Rīgas pilsētas partijas komitejas un izpildkomitejas vadošie darbinieki, gandrīz visu masu informācijas līdzekļu redaktori utt. Turpmākajos gados faktiski visas tēmas, kas bija saistītas ar migrāciju, garīgo kultūru, pagātnes mantojumu, nacionālajām attiecībām, nebija apspriežamas. Tas ietekmēja arī attieksmi pret kultūras pieminekļu aizsardzību, ekoloģiju, lielo rūpniecības uzņēmumu celtniecību utml. Kā uzskatīja Latvijas iedzīvotāji, LPSR vadība, līdzīgi mūsdienām, maz rūpējās par savas zemes interesēm un cītīgi pildīja Maskavas norādījumus. Ja toreiz katra partijas un padomju varas pārstāvja "rozā" sapnis bija izsisties un saņemt darbu Maskavā, tad šodien, akli pildot un cenšoties izpildīt ES direktīvas, rekomendācijas un citus ieteikumus, ikviena varas darboņa sapnis noklūt darbā Briselē. 

Savu kursu uz absolūtu rusifikāciju Arvīds Pelše turpināja ar vēl lielāku vērienu, kad pārcēlās uz darbu Maskavā. Zīmīgi, ka Eiropadomes prezidents Hermans van Rumpejs šo ideoloģisko nostādni reanimēja, kurš līdzīgi Mihailam Suslovam un Arvīdam Pelšem arī uzskata, ka Eiropā valstīm ir jāaizmirst par nacionālo kultūru un valodu. Viss rit pa spirāli. Arī dažādās politiski veidotās savienībās.

Kā norāda vēstures pētnieks Ervīns Jākobsons, viņa izpētītie arhīvu materiāli liecina, ka vietējo kangaru ieinteresētība sodīt nacionālkomunistus bija daudz lielāka nekā Maskavas atbalsts šādām represijām.

Pelšem bija nodoms pret Eduardu Berklavu sākt kriminālvajāšanu.

(Starp citu, 1988.gadā līdzīga pozīcija LPSR Prokuratūrā pēc jaunā sevisķi svarīgo lietu izmeklētāja Guntara Antoma publicētās atklātās vēstules "Ko darīt?" laikrakstā "Padomju Jaunatne" - atsevišķi padomju iekārtas aizstāvji uzstāja, lai pret jauno prokuratūras darbinieku uzsāktu  krimināllietu. Tas nenotika pateicoties atvaļinātajam kara prokuratūras pulkvedim Jāzepam Ancānam, kurš strādāja LPSR Prokuratūrā un šajā Kolēģijas sanāksme cieti iestājās par jauno kolēģi ).

1959. gada beigās un 1960. gada sākumā notika kampaņa, kurā dažādas partijas organizācijas pieprasīja izslēgt Berklavu no kompartijas rindām. Vienlaikus VDK izmeklēja lietu par protesta vēstulēm, ko avīzēm „Pravda” un „Cīņa” bija nosūtījuši divi pensionāri - Kārlis Baumanis un Jānis Kīns. Lai gan izmeklētāji centās pierādīt, ka ar šo lietu ir saistīti arī Berklavs un bijušais Zinātņu akadēmijas Ekonomikas institūta direktors Pauls Dzērve, Hruščovs Berklava tiesāšanai nepiekrita, jo tas varēja sarežģīt politisko situāciju Latvijā.

Jaunā republikas vadība asi nosodīja nacionālkomunistu viedokli vadošo kadru izvirzīšanas jautājumā un latviešu valodas lietošanas jomā, uzsverot, ka tas pauž „buržuāzisko nacionālismu” un ir pretrunā proletāriskajam internacionālismam. Tika uzsvērts, ka nacionālisms ir sevišķi bīstams brīdī, kad Latvijā atgriežas 1941. un 1949. gadā deportētie „padomju varai naidīgie elementi”. Sevišķi asi tika nosodīta nacionālkomunistu prasība pārtraukt imigrantu arvien plašāku ieceļošanu Latvijā no citām PSRS republikām un šajā nolūkā atteikties no Latvijas pārmērīgas industrializācijas.

Jākobsons pamatoti norāda, ka latviešiem nācās intensīvi apgūt krievu valodu, kas pamazām pārņēma visas politiskās un saimnieciskās dzīves jomas. „Viesu” no brālīgajām republikām kļuva arvien vairāk. Par tabu tika pasludinātas visas tēmas, kas saistījās ar imigrāciju, garīgo kultūru, pagātnes mantojumu, nacionālajām attiecībām. Tas ietekmēja arī attieksmi pret kultūras pieminekļu aizsardzību, ekoloģiju, lielo rūpniecības uzņēmumu celtniecību. Nacionālkomunistu vietā nāca ceturtdaļgadsimtu ilga stagnātiska, uz centralizāciju orientēta valsts pārvalde. Lai gan formāli vadošajos amatos joprojām bija cilvēki ar latviskiem uzvārdiem, tie lielākoties bija Krievijā dzimušie latviešu pēcteči, kas latviski prata vāji vai nerunāja nemaz.

Šis bija ļoti postošs laiks Latvijai. Sākot ar 60. gadiem, Latvija daudzās jomās zaudēja līderpozīcijas Baltijas republiku vidū. Lielākā daļa latviešu uzskatīja, ka Latvijas vadība salīdzinājumā ar pārējām Baltijas republikām vismazāk rūpējas par savas zemes interesēm un viscītīgāk izpilda Maskavas norādījumus. Promaskaviskās partokrātijas uzvara bija solis atpakaļ, kas 60. un 70. gados padarīja Latviju par vienu no neostaļinisko tendenču spilgtākajiem piemēriem Padomju Savienībā.

Kāpēc nacionālkomunisti cieta sakāvi?

Tāpēc, ka tos izdevās ātri sašķelt - LKP CK birojā nebija vienprātības. Vājā vieta bija arī latviešu niecīgais skaits kompartijā. Berklavam bija savs atbalstītāju un domubiedru loks, tomēr viņa asā un autoritārā daba attālināja no viņa daudzus liberāli noskaņotus komunistus. Turklāt viņam pretī stājās vērā ņemama staļinistu kopa Baltijas kara apgabala pavēlnieka Aleksandra Gorbatova, avīzes „Sovetskaja Latvija” galvenā redaktora Nikolaja Saļejeva un LKP CK sekretāra Arvīda Pelšes vadībā. Ap šiem cilvēkiem grupējās visi reformu pretinieki. Zināmu līdzsvaru uzturēja Jāņa Kalnbērziņa un Viļa Lāča atbalsts nacionālkomunistiem, tomēr Kalnbērziņa nostāja bija svārstīga un to stipri iespaidoja Maskavas viedoklis. Īsti nevēlēdamies cīnīties pats par savu vietu, viņš atdeva arī berklaviešu pozīcijas.

No amatiem atlaistie LPSR politiķi (1959—1962)

• Eduards Berklavs, LPSR Ministru Padomes priekšsēdētāja vietnieks, atcelts no amata 1959. gadā, izsūtīts uz Krieviju;
• Pauls Dzērve, Latvijas PSR Ekonomikas institūta direktors, atcelts no amata 1959. gadā, mira autoavārijā 1961. gadā;
• Indriķis Pinksis, Republikāniskās arodbiedrību padomes priekšsēdētājs, no amata atbrīvots 1959. gada augustā, pēc tam ceļu celtniecības daļas priekšnieks Madonas rajonā;
• Edgars Mūkins, LPSR Valsts plāna komitejas priekšsēdētājs, no amata atbrīvots 1959. gada augustā. Līdz 1960. gada septembrim Liepājas Pedagoģiskā institūta direktors, pēc tam Liepājas kokapstrādes kombināta direktors;
• V. Kreituss, Rīgas pilsētas padomes priekšsēdētāja vietnieks, no amata atbrīvots 1959. gada septembrī, pēc tam rūpnīcas "Sarkanā zvaigzne" galvenā konstruktoru daļas biroja priekšnieks;
• Rafaels Blūms, žurnāla "Zvaigzne" redaktors, no amata atbrīvots 1959. gada septembrī, pēc tam žurnāla "Dadzis" literārais līdzstrādnieks;
• N. Vallis, LPSR lauksaimniecības ministra vietnieks, no amata atbrīvots 1959. gada oktobrī, pēc tam Bauskas rajona darbaļaužu padomes izpildkomitejas priekšsēdētājs, vēlāk Rīgas pirmā ceļu ekspluatācijas rajona priekšnieks;
• Osvalds Darbiņš, avīzes "Rīgas Balss" redaktors, no amata atbrīvots 1959. gada oktobrī, pēc tam televīzijas studijas izlaidumu vadītājs;
• Pāvels Pizāns, laikraksta "Cīņa" redaktors, no amata atbrīvots 1960. gada janvārī. No 1961. gada maija Centrālā grāmatu veikala direktors;
• H. Valters, LKP CK Propagandas un aģitācijas daļas vadītāja vietnieks, no amata atbrīvots 1960. gada janvārī, pēc tam Galvenā kino iznomāšanas kantora priekšnieka vietnieks;
• A. Straujums, LKP Rīgas pilsētas komitejas pirmais sekretārs, no amata atbrīvots 1960. gada janvārī, pēc tam Rīgas pilsētas finanšu daļas finanšu sektora vadītājs;
• ​Vilis Krūmiņš, LKP CK sekretārs, no amata atcelts 1960. gada februārī, pēc tam LPSR izglītības ministrs, no šā amata atbrīvots 1961. gada decembrī;
• Nikolajs Bisenieks, LKP CK sekretārs, no amata atbrīvots 1960. gada februārī, pēc tam LPSR MP Galvenās celtniecības pārvaldes kolhozos priekšnieks;
• Aleksandrs Ņikonovs, LPSR lauksaimniecības ministrs, no amata atbrīvots 1961. gada martā, pēc tam lauksaimniecības un ekonomikas zinātnieks un vadošos amatos Krievijā;
• Ivans Veselovs, LKP CK propagandas un aģitācijas daļas vadītājs, no amata atbrīvots 1961. gada novembrī, pēc tam Telegrāfa aģentūras LTA direktors;
• Kārlis Ozoliņš, LPSR AP prezidija priekšsēdētāja vietnieks, no amata atbrīvots 1961. gada decembrī, pēc tam pensionārs;
• Voldemārs Kalpiņš, LPSR kultūras ministrs un ārlietu ministrs, no amata atbrīvots 1962. gada janvārī, pēc tam -  Raiņa Literatūras muzeja direktors.