С начала августа 1942 и по конец января 1943 года Карачаевская АО находилась под немецкой оккупацией.

12 октября 1943 года вышел указ Президиума Верховного Совета СССР, а 14 октября — Постановление СНК СССР о выселении карачаевцев из Карачаевской автономной области в Казахскую и Киргизскую ССР.

Для силового обеспечения депортации карачаевского населения были задействованы войсковые соединения общей численностью в 53 327 человек, и 2 ноября состоялась депортация, по итогам которой в Казахстан и Киргизию были депортированы 69 267 (71,869) карачаевцев. Впоследствии на месте было довыявлено и депортировано 329, а в других районах Кавказа ещё 90 карачаевцев; кроме того, 2543 чел. было демобилизовано из Красной Армии: вместо дома они тоже попали в спецкомендатуры.

После 14 лет депортации, во времена Н. Хрущева, в 1957 году карачаевцы были частично реабилитированы и вернулись на Родину.