Ostatnim dowódcą "Cap Arcony" mianowany został kapitan Heinrich Bertram, oficer ze "stajni" HSDG, który wcześniej dowodził m.in. "Wilhelmem Gustloffem". 26 kwietnia 1945 roku na statek przeniesiono 6500 więźniów z obozu koncentracyjnego Neuengamme oraz około 400 więźniów, którzy przeżyli marsz śmierci z obozu Wesoła (niem. Fürstengrube, podobóz KL Auschwitz). Więźniów umieszczono także na innych, mniejszych jednostkach "Thielbeck" i "Athen". Wszystkie statki zakotwiczono w Zatoce Lubeckiej z przypuszczalnym zamiarem zatopienia ich wraz z więźniami, aby ukryć dowody zbrodni wojennych. Wspomniany kpt. Bertram protestował przeciwko przyjęciu tylu na raz ludzi na pokład nieprzygotowanego logistycznie statku, ale ustąpił wobec przemocy (zob. Woelfer, s. 121).

2 maja 1945 po wstrzymaniu działań wojennych na lądzie, dowództwo alianckie podało otwartym tekstem następujący meldunek: "Wzywamy wszystkie jednostki morskie pływające pod banderą III Rzeszy do natychmiastowego zawinięcia do portu. Wszystkie statki niemieckie spotkane na morzu po godz. 14.00 dnia 3 maja zostaną zbombardowane. Powtarzam. Wzywamy wszystkie..."

Dowodzący statkiem "Athen" kapitan Nibmann, znając treść ostrzeżenia Brytyjczyków, wywiesił białą flagę (mimo stacjonowania na pokładzie uzbrojonego oddziału SS i uzbrojonych marynarzy Kriegsmarine), porozumiał się z komendantem portu w Neustadt i o godzinie 13:45 zawinął do portu. Kapitan Nibmann wiedział, że statki znajdujące się na redzie portu, nie spełniają warunków określonych w ostrzeżeniu radiowym. Na flagsztokach i masztach statków-więzień powiewały bandery III Rzeszy i żaden z nich nie posiadał oznaczeń Czerwonego Krzyża. Kapitan Nibmann, zawijając do portu przed upływem brytyjskiego ultimatum, uratował życie 1998 więźniom statku "Athen" (który po wojnie w ramach reparacji wojennych pływał pod polską banderą jako "Ludwik Waryński").

Pozostałe trzy statki mimo całej świadomości ostrzeżenia Aliantów pozostawały na redzie z podniesionymi banderami do momentu ataku lotniczego włącznie. Kapitan "Cap Arcony" zamierzał w nocy po ostrzeżeniu brytyjskim oświetlić statek (był poprzednio kapitanem oficjalnego zarejestrowanego statku szpitalnego "Monte Rosa"), zostało to jednak kategorycznie zakazane. Na pokładzie statku dochodziło do licznych spięć między wartownikami SS i cywilną załogą "Cap Arcony", która nie była gotowa, w przededniu zakończenia wojny, do ponoszenia współodpowiedzialności za planowaną z premedytacją zbrodnię. Statek "Thielbeck" również nie podniósł białej flagi.

Wypowiedź kapitana Jacobsena z "Thielbeck": Meine Jungs, seid doch vernünftig, die Einheiten der Kriegsmarine sind immer noch treu. Nachdem wir die weiße Fahne gezogen haben, werden die auf uns sofort das Feuer eröffnen / Moi chłopcy bądźcie rozsądni, jednostki marynarki wojennej są nadal wierne. Gdy tylko wciągniemy białą flagę, otworzą do nas ogień.

3 maja krótko po godzinie 14:00 stojące na redzie statki zostały zaatakowane przez samoloty Hawker Typhoon trzech dywizjonów RAF (197.,198. i 263.). Samoloty 198. dywizjonu wystrzeliły 62 rakiety w kierunku "Cap Arcony" i "Thielbecka" (z których 40 było celnych). 197. i 263. dywizjon zaatakowały bombami i rakietami statek "Deutschland IV".

Tysiąc osób, które przeżyło atak, dopłynęło do brzegu, ale tam, według relacji świadków, SS, marynarze Kriegsmarine oraz uzbrojeni cywile strzelali do rozbitków w morzu i zabijali tych, którzy dotarli do brzegu. Mimo wszystko około 350 osób zdołało przeżyć, gdyż na miejsce dotarli żołnierze brytyjscy.

Z Niemców, którzy zabijali więźniów, ci, którzy nie uciekli przed nadejściem Brytyjczyków, zostali albo wybici przez żołnierzy brytyjskich, którzy widząc co się dzieje, prawie nie brali jeńców, albo więźniów (Brytyjczycy nie oponowali, gdy więźniowie zaatakowali uciekających Niemców). W przypadku pozostałych Niemców (tych, którzy wcześniej uciekli), śledztwo w celu ich odnalezienia zakończyło się niepowodzeniem.

3 maja dowództwo 2 Armii Lotnictwa Taktycznego wydaje "rozkaz nr 71": Hospital and Red Cross relief ships will be operating in the area. This vessels will be illuminated and are not repeat not to be attacked / Statki szpitalne i statki ewakuacyjne Czerwonego Krzyża będą się znajdowały w akwenie. Statki te będą oświetlone i nie mają być, powtarzam: nie mają być atakowane.

Zawieszenie działań wojennych dotyczyło regionu Hamburga. Dania i Norwegia znajdowały się dalej pod kontrolą niemieckich nazistów, istniało praktyczne zagrożenie ucieczki zbrodniarzy i dygnitarzy niemieckich do tych okupowanych jeszcze krajów, ze względu na zaminowanie akwenu morskie działania przechwytujące Aliantów były wykluczone. Niemcy nie zastosowali się w tych dniach wielokrotnie do ostrzeżenia Aliantów z 2 maja - do 4 maja włącznie Brytyjczycy zatopili na akwenie objętym ostrzeżeniem z 2 maja 21 transportowców i okrętów jak również 7 mniejszych jednostek.

Moralną odpowiedzialność za zbrodniczą hekatombę więźniów ponoszą Heinrich Himmler i następca Hitlera - wielki admirał (Grossadmiral) Karl Dönitz.

Niektórym SS-mannom pełniącym służbę na zatopionych statkach wytoczono proces w Hamburgu (w Curio-Haus) trwający od 18 marca do 3 maja 1946

Zdarzenie to, wraz z zatopieniem statków MS "Wilhelm Gustloff" i MS "Goya" na Morzu Bałtyckim, należy do największych katastrof morskich w dziejach.