Przy ceremonii nie był jednak obecny arcybiskup Canterbury, bo ostatnio piastujący to stanowisko Reginald Pole, będący katolikiem, zmarł kilka godzin po królowej Marii. Ponieważ ważniejsi w hierarchii biskupi odmawiali zgody na uczestniczenie w koronacji (Elżbieta była niegodna dziedziczenia zarówno według prawa kanonicznego, jak i państwowego, a na jej niekorzyść przemawiało to, że była protestantką), wyznaczono do koronacji mniej ważnego biskupa Carlisle Owena Oglethorpe'a, który zgodził się ją namaścić na królową.

Komunia została udzielona przez osobistego kapelana królowej, aby uniknąć przepisów katolickich. Koronacja Elżbiety była ostatnią, która odbyła się wg obrządku łacińskiego; następne były już prowadzone w obrządku anglikańskim. Później Elżbieta przekonała osobistego kapelana swojej matki, Matthew Parkera, aby został arcybiskupem Canterbury.

Jednym z najważniejszych problemów w okresie panowania młodej królowej były sprawy religijne. Na początku polegała ona w tym zakresie głównie na Sir Williamie Cecilu, późniejszym lordzie Burghley. Jej pierwszym krokiem było wydanie Act of Uniformity (Aktu o ujednoliceniu), który nakazywał używanie protestanckiego modlitewnika we wszystkich kościołach (ang. The Book of Common Prayer). Papieska kontrola nad kościołem angielskim, przywrócona przez Marię, została przez Elżbietę zniesiona. Królowa przyjęła tytuł "Najwyższego Zwierzchnika Kościoła Anglii" (ang. Supreme Governor of the Church of England) zamiast "Najwyższej Głowy", głównie ze względu na powszechny pogląd, że kobieta nie może być głową kościoła. Tzw. Akt o Zwierzchnictwie (ang. Act of Supremacy) wydany w 1559 r. nakazywał wszystkim urzędnikom złożenie przysięgi, uznającej królewską zwierzchność nad kościołem; w przeciwnym razie mogło im grozić oskarżenie o zdradę i egzekucja.

Wielu biskupów było zrażonych do nowej polityki religijnej. Zostali więc usunięci ze swoich urzędów i zastąpieni ludźmi wiernymi królowej. Elżbieta wybrała także nową Radę Przyboczną, usuwając z niej przy okazji wszystkich katolików. Głównymi doradcami Elżbiety byli Sir William Cecil jako sekretarz stanu i Sir Nicholas Bacon jako strażnik Wielkiej Pieczęci (ang. Lord Keeper of the Great Seal).

Zmniejszone zostały także wpływy hiszpańskie w Anglii. Elżbieta pozostawała także niezależna od Filipa II w polityce zagranicznej. Jej mottem była zasada "Anglia dla Anglików" (ang. England for the English). Na takiej polityce cierpiała oczywiście Irlandia, podbita przez Anglię. Znalazło się tam wielu przeciwników nowej królowej, jako że wyspa była prawie w całości katolicka.