Przyczyna wybuchu nie została definitywnie wyjaśniona, ale podejrzewa się, że była nią bomba, która została podłożona przez chorwackich terrorystów z organizacji ustaszy. Miejsce katastrofy ze względu na podejrzenia zamachu zostało otoczone na 24 godziny.

Vesna Vulović przeżyła upadek z wysokości 10 160 metrów. Po katastrofie przebywała przez 27 dni w śpiączce. W wyniku zmiażdżonego kręgu, była przez jakiś czas sparaliżowana od pasa w dół, po operacji odzyskała zdolność chodzenia i wróciła do pracy biurowej w liniach Jat Yugoslav.

W styczniu 2009 roku, hipoteza o upadku z ponad 10.000 m została poważnie zakwestionowana. Czeski dziennikarz śledczy Pavel Theiner i praski korespondent niemieckiej stacji ARD Peter Hornung-Andersen opublikowali wnioski z ponad rocznych badań tajnych dokumentów z czeskich archiwów. Wynika z nich, że cudowne ocalenie stewardessy wymyśliły służby specjalne komunistycznej Czechosłowacji, chcąc w ten sposób ukryć, że samolot został omyłkowo zestrzelony przez czechosłowackie myśliwce. Tego, że przyczyną katastrofy nie była bomba podłożona przez chorwackich ultranacjonalistów, dowodzą dwa fakty: szczątki samolotu znajdowały się na niewielkim obszarze, znacznie mniejszym niż po wybuchu bomby, a ciała zabitych nie wyglądały, jakby spadły z tak dużej wysokości. Ponadto według relacji świadków samolot spadł na ziemię w jednym kawałku, z wysokości maksimum 800 metrów. Czeski urząd lotniczy odrzuca te spekulacje jako poszukiwanie sensacji.