Впервые о нахождении массовых захоронений в Катынском лесу в 1943 году заявил Рудольф-Кристоф фон Герсдорфф, представитель Германии, оккупировавшей эти территории во время Второй мировой войны. Созванная Германией международная комиссия провела экспертизу и заключила, что расстрелы произведены НКВД весной 1940 года. В свою очередь, Советский Союз отрицал свою причастность к происшедшему.

После освобождения Смоленска советскими войсками была создана комиссия Николая Бурденко, которая, проведя собственное расследование, заключила, что польские граждане были расстреляны в Катыни в 1941 году немецкими оккупационными войсками. Это заключение было официальной точкой зрения в СССР и странах Варшавского договора до 1990 года, когда руководство СССР официально признало ответственность НКВД СССР.

Завершившееся в 2004 году расследование Главной военной прокуратуры России подтвердило вынесение «тройкой НКВД» смертных приговоров 14 542 польским военнопленным по обвинению в совершении государственных преступлений и достоверно установила смерть 1803 человек и личность 22 из них.

Тема Катынского расстрела длительное время осложняла польско-российские отношения. В 2010 году президент России Д. А. Медведев отметил: «Катынская трагедия — это следствие преступления И. Сталина и ряда его приспешников. Позиция российского государства по этому вопросу давно сформулирована и остается неизменной».

26 ноября 2010 года Госдума России приняла заявление «О Катынской трагедии и её жертвах», в котором признает, что массовый расстрел польских граждан в Катыни был произведен согласно прямому указанию Сталина и других советских руководителей и является преступлением сталинского режима.

В апреле 2012 года ЕСПЧ классифицировал Катынский расстрел как военное преступление.

Как свидетельствуют обнародованные в 1992 году документы, 3 марта 1940 года народный комиссар внутренних дел Л. П. Берия предложил Политбюро ЦК ВКП(б):

«В лагерях для военнопленных НКВД СССР и в тюрьмах западных областей Украины и Белоруссии в настоящее время содержится большое количество бывших офицеров польской армии, бывших работников польской полиции и разведывательных органов, членов польских националистических контрреволюционных партий, участников вскрытых контрреволюционных повстанческих организаций, перебежчиков и др. Все они являются заклятыми врагами советской власти, преисполненными ненависти к советскому строю.
<…>
В лагерях для военнопленных содержится всего (не считая солдат и унтер-офицерского состава) 14 736 бывших офицеров, чиновников, помещиков, полицейских, жандармов, тюремщиков, осадников и разведчиков, по национальности свыше 97 % — поляки.
<…>
Исходя из того, что все они являются закоренелыми, неисправимыми врагами советской власти, НКВД СССР считает необходимым:
<…>
Дела о находящихся в лагерях военнопленных — 14 700 человек бывших польских офицеров, чиновников, помещиков, полицейских, разведчиков, жандармов, осадников и тюремщиков, а также дела об арестованных и находящихся в тюрьмах западных областей Украины и Белоруссии в количестве 11 000 человек членов различных к-р шпионских и диверсионных организаций, бывших помещиков, фабрикантов, бывших польских офицеров, чиновников и перебежчиков — рассмотреть в особом порядке, с применением к ним высшей меры наказания — расстрела.

"

5 марта было принято соответствующее решение Политбюро:

Дела <…> рассмотреть в особом порядке, с применением к ним высшей меры наказания — расстрела. Рассмотрение дела провести без вызова арестованных и без предъявления обвинения, постановления об окончании следствия и обвинительного заключения. <…> Рассмотрение дел и вынесение решения возложить на тройку, в составе т.т. Меркулова, Кобулова и Баштакова (начальник 1-го спецотдела НКВД СССР).

К концу марта в НКВД была завершена разработка плана по вывозу польских военнопленных из лагерей и тюрем к местам расстрела. Заключённых из всех украинских тюрем везли на расстрел в Киев, Харьков и Херсон, из белорусских — в Минск.

Для уничтожения заключённых Осташковского лагеря была приготовлена Калининская тюрьма, заранее освобождённая от других заключённых. Одновременно неподалёку от Калинина, в посёлке Медное, экскаваторы вырыли несколько огромных ям. Руководил массовым расстрелом польских офицеров в Осташковском лагере В. М. Блохин.

С начала апреля военнопленных начали вывозить на расстрел эшелонами по 350—400 человек. Этапируемые заключённые полагали, что их готовятся отпустить на свободу, поэтому настроение в их рядах было приподнятое.

В работе «Катынский лабиринт» В. Абаринов приводит последние строки из дневника польского военнопленного — майора Адама Сольского, отправленного по этапу из Козельского лагеря 7 апреля 1940 года. В дневнике, впоследствии найденном немецкой комиссией Г. Бутца, значится:

20 апреля. С 12 часов стоим в Смоленске на запасном пути.

21 апреля. Подъём в тюремных вагонах и подготовка на выход. Нас куда-то перевозят в машинах. Что дальше? С рассвета день начинается как-то странно. Перевозка в боксах «ворона» (страшно). Нас привезли куда-то в лес, похоже на дачное место. Тщательный обыск. Интересовались моим обручальным кольцом, забрали рубли, ремень, перочинный ножик, часы, которые показывали 6.30…

 

Непосредственно в Катыни расстрел осуществлялся следующим образом: расстреливаемых связывали (иногда также накидывали на голову шинель) и подводили ко рву, после чего стреляли из пистолета в затылок. В Харькове и Калинине расстрелы производились в тюрьмах.

Использовались в основном пистолеты «Вальтер» и «Браунинг» под патрон «Браунинг» калибра 7,65 мм (в меньшей степени 6,35 мм). Тот факт, что при эксгумации в Катыни в 1943 году были обнаружены исключительно патроны немецкого производства, длительное время считался одним из основных доказательств того, что расстрелы были осуществлены немецкими оккупационными войсками. В настоящее время собрано достаточно свидетельств и косвенных доказательств того, что эти патроны использовались в пистолетах фирмы «Вальтер» или «Маузер», применявшихся сотрудниками НКВД при расстрелах. Кроме того, в начале 1990-х гг. при раскопках на полигоне НКВД «Медное» под Тверью, где, в частности, были похоронены расстрелянные в Калининской тюрьме поляки — узники Осташковского лагеря, следователями Главной военной прокуратуры и польскими исследователями были обнаружены гильзы, аналогичные катынским.

Казни длились с начала апреля до середины мая 1940 года в рамках «Операции по разгрузке лагерей».

По данным, указанным в записке председателя КГБ Шелепина (1959), всего было расстреляно 21 857 человек, из них в Катыни 4 421 человек, в Харькове 3 820 человек, в Калинине 6 311 человек и 7 305 человек в лагерях и тюрьмах Западной Украины и Западной Белоруссии.

Среди казненных были как кадровые офицеры (в том числе Якуб Вайда, отец известного кинорежиссёра Анджея Вайды), так и офицеры военного времени — мобилизованные адвокаты, журналисты, инженеры, учителя, врачи и т. д., включая университетских профессоров, которых только в Козельском лагере находилось 20 человек.

Вопрос о «пропавших» офицерах

Осенью 1940 года офицеров польского Генерального штаба перевели из Грязовецкого лагеря в Москву. Группа офицеров, не настроенных антисоветски, была переведена в Бутырскую тюрьму и на Лубянку, а затем привезена на подмосковную дачу. Там Берия и Меркулов, по воспоминаниям Юзефа Чапского, собрали поляков для обсуждения с ними вопроса об организации ядра Польской Красной Армии. В ходе дискуссий был поднят вопрос и о пропавших из Козельска, Старобельска и Осташкова польских офицерах. Юзеф Чапский так описывает дальнейшее в своей книге воспоминаний «На бесчеловечной земле»:

В октябре 1940 года — за восемь месяцев до начала советско-германской войны — большевики перевезли в специальный лагерь недалеко от Москвы несколько офицеров нашего штаба, среди которых был подполковник Берлинг, и предложили им организовать польскую армию, чтобы воевать против немцев. Берлинг с одобрением отнесся к этому предложению, сделав при этом одну существенную оговорку, чтобы в эту армию могли вступить все офицеры и другие польские военнослужащие независимо от их политических взглядов. Во встрече участвовали Берия и Меркулов.
— Ну конечно же, — заявили они, — поляки всех политических взглядов будут иметь право вступить в эту армию.
— Очень хорошо, — ответил Берлинг, — в лагерях в Козельске и Старобельске находятся прекрасные кадры для этой армии.
На что Меркулов заметил:
— Нет, не эти. Мы совершили с ними огромную ошибку.

Польский писатель Ромуальд Свёнтек однако цитирует рапорт польского полковника Е. Горчинского, написанный в 1943 г. (уже в дни эксгумации в Катыни), где фраза приведена в несколько иной редакции:

«Когда мы сказали комиссару Берия, что большое число первоклассных офицеров для активной службы находится в лагерях в Старобельске и Козельске, он заявил: „Составьте их список, однако немного из них осталось, поскольку мы совершили большую ошибку, передав большую их часть немцам“».

После нападения Германии на СССР ситуация изменилась. Сталин установил дипломатические отношения с союзным теперь польским правительством в изгнании. По указу об амнистии от 8 августа 1941 года захваченным в плен и интернированным польским гражданам была предоставлена амнистия и право свободного передвижения по территории Советского Союза. Началось формирование польской армии в СССР (см. Армия Андерса).

3 декабря 1941 Сталин и Молотов встретились с главой польского правительства генералом Сикорским и генералом Андерсом. При этом состоялся такой диалог (цитируется по польской официальной записи):

СИКОРСКИЙ: Я заявляю вам, господин президент, что ваше распоряжение об амнистии не выполняется. Большое количество наших людей, причём наиболее ценных для армии, находится ещё в лагерях и тюрьмах.
СТАЛИН (записывает): Это невозможно, поскольку амнистия касалась всех, и все поляки освобождены. (Последние слова адресованы Молотову. Молотов поддакивает.)(…).
СИКОРСКИЙ: У меня с собой список, где значится около 4 000 офицеров, вывезенных насильно и находящихся в данный момент в тюрьмах и лагерях, и даже этот список неполон, потому что содержит лишь те фамилии, которые названы по памяти. Я поручил проверить, нет ли их в Польше, с которой у нас постоянная связь. Оказалось, что там нет ни одного из них; так же, как и в лагерях военнопленных в Германии. Эти люди находятся здесь. Ни один из них не вернулся.
СТАЛИН: Это невозможно. Они убежали.
АНДЕРС: Куда они могли убежать?
СТАЛИН: Ну, в Маньчжурию.

Между тем Андерс, ставший руководителем польской армии на территории СССР, предпринимал все возможное, чтобы отыскать «пропавших» офицеров, и даже командировал с этой целью одного из своих подчинённых, Юзефа Чапского (сидевшего ранее в Старобельском лагере). Позже он вспоминал в своих мемуарах:

Меня всё более грызла тревога. Со стороны советских властей — молчание или уклончивые формальные ответы. А тем временем появились страшные слухи о судьбе пропавших. Что их вывезли на северные острова за Полярным кругом, что их утопили в Белом море и т. п.

Фактом было то, что ни об одном из 15 000 пропавших пленных не было с весны 1940 года никаких известий и никого из них, буквально — ни одного, не удалось отыскать.

Только весной 1943 года открылась миру страшная тайна, мир услышал слово, от которого до сих пор веет ужасом: Катынь