Jednak w tym okresie siły trałowe bazujące na wyspie były znacznie osłabione w wyniku strat poniesionych w walce z nieprzyjacielskim lotnictwem i nie były w stanie zapewnić całkowitego bezpieczeństwa przybyłym jednostkom. Jako pierwsze, w asyście trałowców, wpłynęły w kanał dwa ocalałe statki konwoju, za nimi krążownik przeciwlotniczy „Cairo” i szybki stawiacz min „Welshman” w otoczeniu mniejszych jednostek. Niszczyciele pozostały w morzu najdłużej, tworząc osłonę zespołu przed ewentualnymi atakami sił lekkich przeciwnika.

Wreszcie i one skierowały się w stronę portu. „Kujawiak” płynął jako ostatni, w śladzie torowym „Ithuriela”. Gdy na minie poderwał się „Badsworth”, „Ithuriel” wyminął unieruchomioną jednostkę, a polski niszczyciel zbliżył się celem udzielenia pomocy (na pokładzie „Badswotha” znajdowało się około 120 rozbitków z wcześniej zatopionych statków). 53 minuty po północy, 16 czerwca, przy lewej burcie „Kujawiaka” na wysokości stanowiska dział nr 2 eksplodowała mina, rozrywając poszycie i przyległe grodzie wodoszczelne. Pomimo natychmiastowej akcji drużyn awaryjnych i kontrbalastowania, okręt szybko przechylał na burtę. Z Malty wysłano mu na pomoc holownik „Robust”, jednak zanim zdążył podjąć hol, około 1.20 polski niszczyciel zatonął na pozycji 35°52′02″N 14°38′05″E, pociągając za sobą 13 (niektóre źródła podają 12 nazwisk i nieco inną pozycję zatonięcia) członków załogi.

Polegli:

• st. marynarz Józef Biernacki
• bosmanmat Stanisław Dąbrowski
• bosman Andrzej Hołowacz
• st. marynarz Józef Jankowski
• st. marynarz Edward Jesionowski
• bosman Aleksy Kozaków
• bosmanmat Mieczysław Kubik
• marynarz Edward Olsztyn
• bosmanmat Stanisław Sadowski
• bosmanmat Stanisław Szwarc
• bosmanmat Michał Zajączkowski
• st. marynarz Edward Zych
• marynarz Czesław Zysk

Ponadto poważnie ranni zostali jeden podoficer i sześciu marynarzy, których hospitalizowano na Malcie. Pozostałych uratowały niszczyciel „Blankney”, trałowiec „Hebe” i kilka mniejszych jednostek. Powrócili oni przez Gibraltar do Wielkiej Brytanii na pokładach brytyjskich okrętów.

Na tym samym polu minowym uszkodzone zostały tej nocy, oprócz „Badswordha”, także niszczyciel „Matchless”, trałowiec „Hebe” oraz jeden ze statków konwoju, a zatonął zmobilizowany dryfter „Justified”.

Udział polskiego niszczyciela w operacji Harpoon został wysoko oceniony: komandor Lichodziejewski oraz oficer artyleryjski porucznik Jerzy Łukaszewski zostali odznaczeni Krzyżami Srebrnymi Orderu Virtuti Militari, a dwóch oficerów oraz 22 podoficerów i marynarzy Krzyżami Walecznych.

W trakcie swej służby „Kujawiak” przebył 32 000 mil morskich, biorąc udział w pięciu operacjach, 11 patrolach, eskorcie czterech konwojów oceanicznych i 69 przybrzeżnych, zestrzelił jeden samolot przeciwnika na pewno i kilka prawdopodobnie, dwukrotnie atakował wykryte okręty podwodne, 112 razy na jego pokładzie ogłaszano alarmy przeciwlotnicze.

Odnalezienie wraku

22 września 2014 roku polska ekspedycja „The Hunt for L72” odnalazła wrak „Kujawiaka”.

Upamiętnienie

Podobnie jak inne polskie okręty utracone podczas II wojny światowej, „Kujawiak” został upamiętniony tablicą (projektu Marii Talagi-Korpalskiej) umieszczoną w Małym Panteonie Marynarki Wojennej przy kościele Michała Archanioła na Oksywiu. Znajdują się na niej słowa Zygmunta Krasińskiego

Tam zwycięstwo, gdzie cnota
Tam zmartwychwstanie, gdzie Golgota

Krótką służbę niszczyciela pod biało-czerwoną banderą przedstawił w zbeletryzowanej formie Zbigniew Damski w książce 382 dni „Kujawiaka” (1982) wydanej w serii „Biblioteka Żółtego Tygrysa”.