Z sąsiednich wiosek hitlerowcy utworzyli pas zasiedlony kolonistami niemieckimi, tzw. "czarnymi Niemcami" Był to obszar dobrze broniony przez niemieckich żołnierzy. Po stronie polskiej powstały wówczas grupy bojowe, które uczestniczyły w akcjach przeciwko kolonistom. Jeden z takich ataków miał miejsce w miejscowości Lipsko. W odwecie za pomoc udzieloną partyzantom 29 grudnia 1942 roku niemiecka ekspedycja karna wymordowała 51 osób w Białowoli, w tym 22 kobiety i 12 dzieci (w wieku od 8 miesięcy do lat 10). Miejscowość została także splądrowana. Hitlerowcy zapowiedzieli, że za każde nieposłuszeństwo czy dywersje będzie stosowana odpowiedzialność zbiorowa. Białowola jednak w dalszym ciągu była schronieniem dla walczących partyzantów. W późniejszym okresie z rąk hitlerowców zginęło jeszcze 14 osób.

Ciała pomordowanych złożono w zbiorowej mogile, gdzie ustawiono pomnik z napisem: "Tu spoczywają zwłoki Polaków, mieszkańców wsi Białowola, wymordowanych przez krwawych katów hitlerowskich dnia 29 XII 1942 r".

Zbrodnie popełnione przez Niemców tak relacjonował jeden z jej mieszkańców: "W czasie pacyfikacji, na boisku szkolnym, został zamordowany mój ojciec, siostra z mężem i trójka dzieci – najmłodsze miało 8 miesięcy. Gdy mordercy odjechali do Zamościa, poszedłem do zabitych i zobaczyłem wśród stosu trupów moja siostrę, trzymała w ramionach martwe niemowlę, a obok niej leżały pozostałe dzieci. Przebieg pacyfikacji był straszny. Bardzo wcześnie rano Białowola została otoczona ścisłym kordonem żołnierzy. Specjalne patrole chodziły po wsi i spędzały mieszkańców do szkoły. Tam odbywała się selekcja. Wybranych wprowadzano rodzinami lub piątkami na boisko szkolne i na oczach pozostałych mieszkańców zabijano seriami z karabinów maszynowych. W razie potrzeby dobijano strzałem w głowę. Z mojej rodziny uratowałem się tylko ja z matka. Hitlerowcy nie natrafili na nasze schowki. Widziałem z ukrycia, jak przed odjazdem rabowali nasz dobytek, zabrali krowy i niszczyli gospodarstwo. Naszych najbliższych pochowaliśmy w zbiorowej mogile koło szkoły. W tym miejscu stoi teraz pomnik, który przypomina nam ten straszny czas."