Pociąg jadący z Zakopanego do Krakowa, na stacji Kalwaria Zebrzydowska został skierowany na drogę okrężną przez Wadowice i Spytkowice, gdyż partyzanci uszkodzili tor na linii Kalwaria Zebrzydowska – Skawina. Po tym samym torze od strony Wadowic jechał pociąg wiozący zaopatrzenie dla niemieckiego wojska. Kiedy dyżurny ruchu stacji w Kalwarii zorientował się w sytuacji, wysłał za pociągiem pasażerskim lokomotywę, która gwizdem starała się ostrzec przed niebezpieczeństwem. Maszynista nie usłyszał gwizdów goniącej go lokomotywy. Według naocznych świadków dwa wagony pasażerskie (drewniane boczniaki) uległy całkowitemu zniszczeniu.

W wyniku zderzenia zginęło około 130 osób, a ponad 100 zostało rannych. Byli to głównie mieszkańcy Ziemi Wadowickiej. Biorąc pod uwagę liczbę ofiar śmiertelnych była to najtragiczniejsza katastrofa kolejowa w historii polskich kolei.