Nikolaus Messmer (ur. 19 grudnia 1954 w Karagandzie, zm. 18 lipca 2016) – rosyjski duchowny katolicki pochodzenia niemieckiego, biskup, administrator apostolski Kirgistanu w latach 2006-2016.

Nikolaus Messmer pochodził z rodziny Niemców Nadwołżańskich, którzy zostali deportowani na rozkaz Józefa Stalina w głąb Kazachstanu. W 1975 wstąpił do zakonu jezuitów i złożył śluby zakonne trzy lata później. 28 maja 1989 otrzymał święcenia kapłańskie, a następnie pracował jako duszpasterz w parafii św. Michała Archanioła w Biszkeku, gdzie znajdowała się jedyna świątynia katolicka w Kirgistanie.

W latach 1997–2001 i 2004–2006 sprawował funkcję rektora niższego seminarium duchownego w Nowosybirsku, na terenie Federacji Rosyjskiej. W latach 2001-2004 uczęszczał do renomowanego Papieskiego Uniwersytetu Gregoriańskiego w Rzymie, gdzie otrzymał specjalistyczne wykształcenie w dziedzinie duchowości.

Decyzją papieża Benedykta XVI misja sui iuris Kirgistanu została podniesiona do rangi administratury apostolskiej, a na jej administratora został wybrany ksiądz Messmer, 18 marca 2006. Został jednocześnie biskupem tytularnym Carmeiano. Jego konsekracja biskupia odbyła się 2 czerwca tego samego roku.

Nikolaus Messmer miał dwóch braci. Pierwszy z nich Otto Messmer (ur. 1961) został zamordowany w Moskwie 27 października 2008. Był zwierzchnikiem zakonu jezuitów w Rosji. Z kolei drugi z braci - Hieronymus Messmer był członkiem niemieckiej prowincji jezuitów.