Józef Majkowski urodził się w Chodkowie-Załogach w ziemi ciechanowskiej, w rodzinie szlacheckiej herbu Kościesza, jako syn Aleksandra i Teodozji z Kakowskich. Do Towarzystwa Jezusowego wstąpił 31 października 1930. 20 kwietnia 1941 w Wilnie z rąk arcybiskupa Romualda Jałbrzykowskiego otrzymał święcenia kapłańskie. Uczestniczył w konspiracyjnej akcji legalizacyjnej. 26 marca 1942 został wraz z innymi jezuitami z Wilna aresztowany i osadzony w więzieniu na Łukiszkach. Ciężko chory, dzięki znajomościom na Gestapo niemieckiego jezuity z Prowincji Litewskiej Towarzystwa Jezusowego Karola Fulsta, zostaje wypuszczony i internowany w Paringuvis i Szawlach na Litwie, gdzie zaskarbił sobie szacunek Litwinów. Po powrocie do Wilna w 1944 do opuszczenia Wilna pracował przy kościele św. Kazimierza. W maju i czerwcu 1945 pracował w Gdańsku-Wrzeszczu. Następnie został kaznodzieją w kaplicy przy kolegium Bobolanum w Lublinie. W latach 1946-1947 odbył trzecią probację w Czechowicach. W latach 1947-1949 studiował na Wydziale Filozofii KUL w Lublinie gdzie obronił pracę doktorską z psychologii religii. 2 lutego 1949 odbyła się uroczysta profesja czterech ślubów w Lublinie.

W 1950 został wykładowcą psychologii religii na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim. Od 1954 wykładał psychologię religii i teologii ascetycznej na Fakultecie Teologicznym Bobolanum.

W roku 1958 został duszpasterzem akademickim przy kościele św. Andrzeja Boboli przy ul. Rakowieckiej w Warszawie i pełnił tę funkcję przez niemal 30 lat kształtując młodzież akademicką i absolwentów pobliskich warszawskich uczelni SGGW i SGPiS. Integrował młodzież i młodą inteligencję m.in. poprzez wspólne wakacje, święcone, opłatki, dni skupienia. Przekazywał informacje o sytuacji kościoła w ZSRR.

9 września 1980 prymas Stefan Wyszyński powołał go do kościelnej redakcji transmisji Mszy św. przez Polskie Radio". Była to realizacja postulatów strajkowych zawartych w Porozumieniu Komisji Rządowej i Międzyzakładowego Komitetu Strajkowego z 31 sierpnia 1980. Łącznie Józef Majkowski wygłosił 39 kazań w czasie mszy świętych odprawianych w kościele św. Krzyża w Warszawie i emitowanych w Programie 1 Polskiego Radia. Był autorem wielu piosenek i pieśni kościelnych. Napisał biografię św. Stanisława Kostki. Pochowany został na cmentarzu powązkowskim w Warszawie.