Urodził się we Lwowie w rodzinie artystycznej. W okresie I wojny światowej rodzina Pautsch mieszkała we Wrocławiu. Po wojnie odmówiła przyjęcia obywatelstwa niemieckiego i musiała przenieść się do Krakowa, gdzie Jego ojciec m.in. był rektorem Akademii Sztuk Pięknych. W 1929 roku uzyskał maturę w Liceum im. Króla Jana III Sobieskiego w Krakowie. Biologię studiował na Uniwersytecie Jagiellońskim, dyplom magistra otrzymał w 1936 roku. Doktorat uzyskał w 1938 roku, a promotorem rozprawy doktorskiej był profesor Emil Godlewski. Habilitował się na Uniwersytecie Jagiellońskim w 1945 roku. W 1947 roku Prof. Pautsch powołany został na kierownika Katedry Biologii na Akademii Medycznej w Gdańsku. Od 1955 roku był kierownikiem Stacji Biologicznej w Gdańsku-Górkach Wschodnich na Wyspie Sobieszewskiej. Po przeniesieniu się do Gdańska, rozwijał swoje zainteresowania naukowe z fizjologii porównawczej organizmów wód słonawych i morskich. Działalność Stacji Biologicznej w latach 1958-1969 była dofinansowywana przez Gdańskie Towarzystwo Naukowe. Pod koniec lat sześćdziesiątych był w grupie inicjatywnej dla powołania w Gdańsku uniwersytetu. Wspierał Prof. Karola Taylora, który był pełnomocnikiem Rektora Wyższej Szkoły Pedagogicznej i prodziekanem Wydziału Biologii i Nauk o Ziemi dla powołania kierunku biologii. Z inicjatywy Prof. Pautscha Stacja Biologiczna należąca wówczas do Instytutu Biologii Medycznej Akademii Medycznej w Gdańsku, została przekazana do Uniwersytetu Gdańskiego. W pierwszych latach kształcenia studentów na kierunku biologii Uniwersytetu Gdańskiego, prowadził wykłady z genetyki ogólnej i fizjologii zwierząt. O uznaniu osiągnięć Profesora Pautscha świadczy m.in. fakt poproszenia Go o wygłoszenie wykładu inauguracyjnego pt. Zjawisko neurosekrecji z uwzględnieniem rozwoju ewolucyjnego (Kosmos, 1970, 103: 125-142), na sesji naukowej poświęconej Zjawiskom Neurosekrecji w Świecie Zwierzęcym zorganizowanej przez Komitet Zoologiczny PAN w Krakowie w dniu 21 marca 1969 roku.
Profesor Pautsch pełnił szereg funkcji na uczelniach w których pracował. Był przez wiele lat delegatem do Międzynarodowej Komisji Oceanograficznej UNESCO oraz członkiem komitetu redakcyjnego kilku czasopism w tym MARINE BIOLOGY. Postawa akademicka Prof. Pautscha w trudnych okresach była godna podziwu. W czasach t.zw biologii łysenkowskiej, za Jego negatywny stosunek do ówczesnej genetyki został odsunięty od wykładania tego przedmiotu. W latach siedemdziesiątych był sygnatariuszem listu 34 intelektualistów do władz PRL w obronie swobód obywatelskich na uczelniach i zniesieniu cenzury. Z tego powodu m.in. odmówiono Profesorowi wydania paszportu.