Dzimis 1863. gada 18 decembrī (pēc vecā stila 6. decembrī) Aknīstes Mežaraupu "Jurasētā".

Mācijies Aknīstes un Subates skolās. Pēc tam bijis rakstveža palīgs Aknīstē un vēlāk Lietuvā - Panidā.

1885.g.vēstulē Fricim Brīvzemniekam lūdz pagādāt viņam vietu Maskavā, lai var turpināt izglītību.

Fr. Brīvzemnieks lūgumu izpilda. Maskavā līdztekus studijām J.Kriškāns aktīvi piedalās turienes latviešu vakaros.

1888.g. nokārto apriņķa skolu skolotāja eksāmenus. Atgriežas Latvijā.

Vienu gadu vadīja ministrijas skolu Veczvārdē. No 1889. līdz 1914. gadam skolotājs Rīgas pilsētas savienotajās elementārskolās.

Sākot ar 1903. gadu daudz publicējies presē (nereti bez paraksta vai ar pseidonīmiem Bezemju Jānis, Krš), īpaši par izglītības jautājumiem un bibliotekām. J.Kriškāņa mērķis - visai tautai pieejama izglītība. Dedzīgi iestājās pret pārkrievošanas politiku, tajā skaitā pret uz pārkrievošanu vērstu izglītības sistēmu.

Aktīvi darbojās Latviešu izglītības biedrībā. Popularizēja ideju par latviešu tautas augstskolu dibināšanu. Interesējās par mājmācību attīstību. Popularizēja bezmaksas tautas biblioteku izveidi.

Ilgus gadus darbojās Rīgas Latviešu biedrības Derīgu grāmatu nodaļā.  Kopš 19.gs. 90. gadu sākuma vadīja RLB lasāmbibliotēku, sastādīja tās katalogu.

Anonīmi sarakstījis šķirkli "Skolas un izglītība" RLB izdotajā "Konversācijas vārdnīcā" (1908).

Vācis materiālus par Latvijas skolu vēsturi. Savu mūža darbu „Latviešu skolu vēsture” neizdevās pabeigt un sagatavot izdošanai. Šo darbu Latvijas neatkarības gados pabeidzis un četros sējumos izdevis Andrejs Vičs, bet 1972. gadā trimdā tika izdota J.Krišjāņa sarakstītā un Jāņa Krolina rediģētā tautskolu vēsture, kas aptver laika posmu no 13.gs. līdz 1905.g.

1914.g. J.Kriškānam tika konstatēts plaušu vēzis. Ārstējies ārpus Latvijas. 1916.g. atgriežas Baltijā. Mirst Elvā (Igaunija), Bēgļu komitejas slimnīcā 1916.g. 31.oktobrī (pēc vecā stila 18.oktobrī).

Apbedīts Lielo kapu Jāņa draudzes nodalījumā.

1925.g. Latvijas skolotāju biedrība  J.Kriškānam uzstāda akmeņkaļa J.Lāča darinātu pieminekli. Padomju okupācijas laikā J.Kriškāna kapa vieta iznīcināta.

1926. gadā Rīgas latviešu skolotāju biedrība izdeva A.Viča sarakstītu nelielu grāmatiņu par J.Kriškāna dzīvi.

Pirms Otrā pasaules kara par godu novadniekam Aknīstē esošā Ložmetēju iela (šobrīd Dzirnavu iela) bija pārdēvēta par Jāņa Kriškāna ielu.