Dzīvo Rīgā, bet četrdesmitajos gados pārceļas uz Vecpiebalgu uz pastāvīgu dzīvi.

1942. gadā Jānis apprecas ar vietējo meiteni Emmu Smilgu. Grāmatā Lizete, dzejniekam lemtā autore citē Jāņa Skalbes atmiņas: «Vecpiebalgā dzīvodams, tēvs šad tad ciemojās pie advokāta Jāņa Breikša. Viņam Smeiļos bija lielsaimniecība.» Šīs saimniecības vadītāja bija Emma. Ģimenē 1944. gada vasarā piedzimst dēls Jānis Skalbe, juniors.

Šis ir traģisks laiks Latvijai, traģisks laiks Skalbju ģimenei, jo, vācu karaspēkam atkāpjoties un Latvijā ienākot padomju varai, latvieši bailēs no iznīcības, represijām un pazemojuma dodas bēgļu gaitās. Lizetei un Kārlim Skalbēm šis laiks ir jo īpaši smags – dēls Jānis nolemj palikt Latvijā. Patiesos iemeslus mēs varam tikai minēt, tomēr jāņem vērā, ka Emma tikko kā smagās dzemdībās laidusi pasaulē mazuli un neviens nezina, kurp īsti doties un ar ko tas viss beigsies.

Karš izšķir Skalbes ģimeni. Atmiņu vēstījumos un vēstulēs šis laiks iemieso skaudru patiesību par izmisumu, kādā tobrīd ir latviešu tauta. Lizetei, Kārlim, meitai Ilzei ar vīru Robertu un viņu dēlēnu Andreju, kuram tobrīd ir desmit gadu, izdodas laivā pārcelties uz Gotlandi, kur tālāk ceļš Latvijas ģimeni aizved līdz Vallas bēgļu nometnei. Kārlis Skalbe jau ir slims, un neilgi pēc emigrācijas 1945. gada aprīlī viņš Zviedrijā aiziet mūžībā.

Jau dzīvojot tālajā zemē, Lizetes Skalbes misija ir rūpēties par dēlu Jāni un viņa ģimeni, kas palika Latvijā. Šāds secinājums izriet no Lizetes vēstulēm, kuras sāk ceļot uz Latviju no Zviedrijas brīdī, kad situācija to pieļauj. «Tiklīdz Lizete ir iztulkojusi kādu darbu, nopelnījusi honorāru, viņa dodas uz veikaliem, iepērkas un sūta uz Latviju paciņas: tas tev, dēliņ, tas Emmai, tas Jānītim, tas Margrietiņai. Jānis aicina māti atgriezties Latvijā, uz ko Lizete atbild, ka viņa ir vajadzīga arī Ilzes ģimenei, mazdēlam Andrejam, vēlāk jau mazmazdēliem. Taču galvenais iemesls, kāpēc Lizete neapsver iespēju atgriezties, ir padomju režīms, kura laikā nebūtu iespējams pārvest Skalbes pelnus uz Latviju.

Jānis ir apbedīts Vecpiebalgas Zīles kalna kapos, kur ir viņa dzimtas kapi un kur ir apbedīta arī viņa sieva Emma un arī Lizetes māte.