Франсиско Гильермо Флорес Перес (исп. Francisco Guillermo Flores Pérez; 17 октября 1959 года — 30 января 2016) — президент Сальвадора в 1999—2004 годах.

Франсиско Гильермо Флорес Перес учился в Американской школе в Эль-Сальвадоре и в Амхерстском колледже в Массачусетсе (США), затем изучал политические науки в Оксфорде (Великобритания) и Гарварде (США).

Франсиско Гильермо Флорес Перес вышел на политическую арену после того, как был убит его свёкор, являвшийся начальником штаба у Альфредо Кристиани Буркарда. В 1989 году он стал заместителем министра планирования. Затем он стал советником главы государства и руководил действиями правительства по выполнению условий подписанного в январе 1992 года мирного соглашения с Фронтом национального освобождения имени Фарабундо Марти. В 1994 году он был избран в Законодательную Ассамблею, а новый президент сделал его своим пресс-секретарём. В 1997 году Франсиско Гильермо Флорес Перес стал Председателем Законодательной Ассамблеи.

29 марта 1998 года Националистический республиканский альянс выдвинул Флореса в качестве своего кандидата в президенты страны, и в 1999 году он выиграл президентские выборы. Президентство Флореса характеризовалось тесной привязкой к политике США: национальная валюта сальвадорский колон была с 1 января 2001 выведена из обращения и заменена на доллар США, а сальвадорский воинский контингент в 2003 был размещён в Ираке вместе с войсками США.

После ухода с поста президента Сальвадора в 2004 году Флорес пытался претендовать на пост генерального секретаря Организации американских государств.