Dzimis 1906. gadā Valmierā galdnieka Jāņa Gustsona ģimenē. Mācījās Krišjāņa Valdemāra jūrskolā, pēc kuras beigšanas strādāja par kravas kuģu stūrmani. 1936. gadā Jānis Gustsons organizēja kuģa matrožu streiku, prasot uzlabot darba apstākļus, par to atlaists no darba un bija spiests strādāt par ostas strādnieku. 1937. gadā iestājies Latvijas Komunistiskajā partijā (LKP), 1939. gada beigās tika kooptēts (pieaicināts) LKP CK sastāvā.

Pēc Latvijas okupācijas un pēc Latvijas inkorporācijas Padomju Savienībā iecelts par Latvijas PSR Meža rūpniecības tautas komisāru. 1941. un 1946. gadā viņš atkārtoti kļuva par PSRS Augstākās Padomes deputātu.

Nacionālkomunistu ietekmes laikā 1959. gada martā Jānis Gustsons tika iecelts par Līgatnes papīrfabrikas direktoru, šajā amatā viņš 1966. gadā pensionējās. Pēc PSRS sabrukuma kļuva zināms, ka viņš bijis viens no 1969. gadā uzrakstītās tā sauktās "17 latviešu komunistu vēstules" atbalstītājiem.

Perestroikas laikā Gustsons atsāka aktīvi piedalīties sabiedriskajā darbībā. 1988. gada 8. jūlijā viņš uzstājās Latvijas PSR Partijas vēstures institūta un Latvijas PSR Zinātņu akadēmijas Vēstures institūta zinātnisko padomju kopīga paplašinātajā sēdē ar savu skaidrojumu par 1940. gada okupācijas notikumiem. 1989. gada 28. jūlijā – ar Latvijas PSR Augstākās Padomes lēmumu viņu iekļāva komisijā, kas izvērtēja politiskās un tiesiskās sekas, kādas Latvijai izraisīja 1939. un 1940. gadā starp PSRS un Vāciju noslēgtās vienošanās.

Miris 1991. gada 29. aprīlī Līgatnē.

Sieva - Ingrīda.