Матрёна Дмитриевна Никонова родилась в 1881 году в деревне Себино Епифанского уезда (ныне Кимовского района) Тульской губернии, она была четвёртым ребёнком в семье. (Данные жития не подтверждаются метрическими книгами с. Себино). По легенде, родители Наталья и Дмитрий Никоновы сначала хотели оставить слепую дочь в приюте, но мать передумала после того, как ей приснился необыкновенный сон: белая птица необычайной красоты, но слепая, села на её груди. Наталья Никонова решила, что сон был вещий. Житие сообщает, что уже с 8 лет Матрёна лечила больных и предсказывала будущее. В 18 лет у неё отнялись ноги.

После революции 1917 года Матрёна и её подруга Лидия Янкова остались без крова и пошли искать работу и еду в городе. Около 1925 года Матрёна перебралась в Москву, возможно, следуя за своими братьями. Жила где придется — у друзей и знакомых, но не у своих братьев.

Когда появилась угроза захвата Москвы в 1941 году, то якобы к Матрёне приезжал Иосиф Сталин. Она тогда якобы сказала ему: «Русский народ победит, победа будет за тобой. Из начальства один ты не выедешь из Москвы». Эта предполагаемая встреча изображена на иконе «Матрона и Сталин», но это выдуманная история. В целом версия не соответствует общеизвестным фактам про святую Матрону.

Помимо всего прочего, она предсказала свою смерть за 3 дня, продолжая принимать людей в свои последние дни. Скончалась 2 мая 1952 года. Похоронена на Даниловском кладбище в Москве; могила стала местом неофициального паломничества.

8 марта 1998 года эксгумирована. Останки доставлены в московский Данилов монастырь, затем перенесены в храм на территории Покровского монастыря и помещены в специальную гробницу (раку).

В 1999 году канонизирована как местночтимая московская святая; определение Священного Синода от 17 августа 2004[6] гласило: «Включить в повестку дня предстоящего Архиерейского Собора вопрос об общецерковном прославлении святой блаженной Матроны Московской (Никоновой; 1881—1952)». В октябре того же года состоялась общецерковная канонизация.

О жизни Матрёны известно прежде всего из книги Зинаиды Владимировны Ждановой (1917—2007), дочери односельчанки Матроны, «Сказание о житии блаженной старицы Матроны». Андрей Кураев находит в данной работе утверждения о жизни Матроны, противоречащие православному богословию. Например:

• «И вот вижу сон: стою и смотрю, как Матушка облачается в мундир генеральский царских времен с аксельбантами, лентой полосатой через плечо и прикрепляет на груди множество значков, а я спрашиваю: „Матушка, что это такое?“. Она отвечает: „Это регалии — мои заслуги перед Богом“. Я спрашиваю: „А куда же Вы так одеваетесь?“ А она недовольно: „Куда-куда — к Самому Богу Саваофу на поклон“».

Синодальная комиссия по канонизации святых отклонила книгу Ждановой в качестве источника для канонизации Матрёны, но не рассматривала вопрос о том, соответствует ли действительности написанное в книге.

Культ Матроны связан со множеством суеверий; ей поклоняются как «Бабушке земли русской».