Werner Nekes wuchs in Duisburg-Hamborn auf und ging in Oberhausen und Mülheim (Ruhr) zur Schule. Er studierte ab 1963 Sprachwissenschaft und Psychologie in Freiburg und Bonn, wo er einen studentischen Filmclub leitete. Ab 1965 begann er mit 8-mm-, dann mit 16-mm-Film erste Experimentalfilme zu drehen. Er lernte die damals noch malende Dore O. kennen, sie zogen nach Hamburg und heirateten 1967. Dore O. war an den meisten seiner Filme v.a. als Darstellerin beteiligt und begann auch eigene Experimentalfilme zu drehen. Mit Helmut Herbst, Thomas Struck, Klaus Wyborny und Heinz Emigholz gründeten sie die Filmmacher-Cooperative Hamburg.

1968 erhielt sein 10-minütiger Kurzfilm schwarzhuhnbraunhuhnschwarzhuhnweißhuhnrothuhnweiß oder put-putt den Internationalen Filmpreis in São Paulo. 1969 erhielt er einen Bambi für sein bisheriges Werk. und im Folgejahr das Filmband in Silber für jüm-jüm (1967). Im Jahr 1972 wurden Filme von Werner Nekes auf der Documenta 5 in Kassel in der Abteilung „Filmschau: New European Cinema“ gezeigt.

1980 drehte er mit Uliisses seinen ersten Langfilm. 1986 entstand Nekes’ bis heute bekanntester Film, die Schlagerfilm-Parodie Johnny Flash mit Helge Schneider als aufsteigendem Schlagerstar in der Hauptrolle. Christoph Schlingensief war als Aufnahmeleiter, Kamera-Assistent und Darsteller beteiligt. Sie hatten sich 1982 kennengelernt. Beide lehrten an der Hochschule für Gestaltung in Offenbach (1982–1984). Anfang der 70er Jahre hatte Nekes schon einmal eine Professur für Experimentalfilm an der Hochschule für bildende Künste Hamburg (1970–1972).

Nekes sammelt alles, was mit der Vorgeschichte des Films zu tun hat, wie optische Spielzeuge, Laterna Magica, Panoptiken und vieles mehr, deren Techniken er auch in seinen Filmen verwendete. So hat er im Laufe der Jahre eine umfangreiche Sammlung von internationaler Bedeutung zusammengetragen, die schon mehrfach ausgestellt, sowie in Büchern, der Fernsehserie Media Magica (1996) und in Nekes’ Dokumentarfilm Was geschah wirklich zwischen den Bildern? (1985) dokumentiert wurde.

Versuche, diese Sammlung in einer Dauerausstellung zu präsentieren, scheiterten bisher. Das bislang letzte Projekt sah vor, die Sammlung in einem alten Turm auf dem Gelände der ehemaligen Landesgartenschau in Mülheim zu zeigen. In dem Turm befindet sich bereits eine Camera obscura.

2009 wurde Werner Nekes in die Klasse der Künste der Nordrhein-Westfälischen Akademie der Wissenschaften und der Künste aufgenommen.

Werner Nekes lebte in Mülheim an der Ruhr.

Auszeichnungen

• 1969: Bambi für das Gesamtschaffen
• 1970: Filmband in Silber für jüm-jüm
• 1972: Spezialpreis auf dem IFF Mannheim für T-WO-MEN
• 1974: Ruhrpreis für Kunst und Wissenschaft
• 1975: Filmband in Silber für hynningen
• 1981: Preis der deutschen Filmkritik für Beuys
• 1984: Deutscher Kritikerpreis für Uliisses.
• 2014: Helen Hill Award.