Немецкое командование приняло все возможные меры, чтобы подготовить город-крепость Кёнигсберг к длительному сопротивлению в условиях осады. В городе имелись подземные заводы, многочисленные военные арсеналы и склады. Система обороны включала в себя внешний оборонительный обвод, который уже был преодолён советскими войсками, и три внутренних обвода. В центре города находилась цитадель.

В Кёнигсберге у немцев имелись три кольца обороны. Первое — в 6-8 километрах от центра города — состояло из траншей, противотанкового рва, проволочных заграждений и минных полей. На этом кольце располагалось 15 фортов (построенных к 1882 году) с гарнизонами в 150—200 человек, при 12-15 орудиях. Второе кольцо обороны проходило по окраинам города и состояло из каменных зданий, баррикад, огневых точек на перекрёстках и минных заграждений. Третье кольцо, в центре города, состояло из 9 бастионов, башен и равелинов (сооружённых в XVII веке и перестроенных в 1843—1873 годах).

Для окружения и уничтожения немецкой группировки советские войска должны были нанести по Кёнигсбергу удары по сходящимся направлениям одновременно с севера и с юга. Также планировался сковывающий удар на Пиллау по земландской группировке противника. Перед операцией была проведена длительная артподготовка — со 2 по 5 апреля 1945 года.

В результате операции основные силы восточно-прусской группировки немцев были разгромлены. Осталась только земландская группировка, которая была ликвидирована 25 апреля.

По советским данным, в плен было взято 93 853 немецких военнослужащих, около 42 тысяч убито, захвачено более двух тысяч орудий, 1652 миномёта и 128 самолётов. По оценке историка Геннадия Кретинина, из общей массы пленных около 25-30 тысяч были гражданскими, оказавшимися также в сборных пунктах военнопленных, поэтому он приводит цифру в 70,5 тысячи пленных немецких военнослужащих, которая подтверждена документами и донесениями.

Завершение штурма отмечено салютом высшей категории — в Москве 324 орудия совершили 24 артиллерийских залпа, была учреждена медаль «За взятие Кёнигсберга», 98 воинских частей получили название «Кёнигсбергские»