Основано в 1771 году, как и многие московские кладбища, во время эпидемии чумы по указу императрицы Екатерины II. Название своё получило от села Даниловского, более известного как Даниловская слобода. В 1829—1838 годы по проекту архитектора Фёдора Шестакова и при деятельном участии московского купца Семёна Логиновича Лепёшкина взамен обветшавшей деревянной церкви построен новый каменный храм Сошествия Святого Духа. Здание церкви выдержано в стиле ампир. Имеет два придела: Семи херсонских священномучеников и Успения Святой Анны. В 1900-х годах церковь перестроена по проекту архитектора Н. Д. Струкова. К юго-западу от неё находится церковь Николая Чудотворца, изначально построенная как часовня-памятник Николаю Гребенскому и освящённая в 1901 году.

До 1917 года на кладбище хоронили главным образом ремесленников, мещан и купцов. В советское время являлось одним из мест погребения православного духовенства. С 1940 года ведется архив по регистрации захороненных (вся информация до этого срока считается утраченной).

В 1965 году сооружен мемориал на братской могиле воинов, погибших в Великой Отечественной войне (скульптор А.Н. Туманов). На кладбище имеется обширный мусульманский участок захоронений.

Адрес: город Москва, 4-й Рощинский проезд, дом 10. Современная площадь: 35 га.