Polskojęzyczna Wikipedia została założona 26 września 2001 roku przez lekarza internistę Krzysztofa Jasiutowicza oraz fizyka Pawła Jochyma. Pierwszy artykuł poświęcony był regule Titiusa-Bodego. Początkowo funkcjonowała jako samodzielny projekt Polska Wolna Encyklopedia Sieciowa i znajdowała się pod adresem wiki.rozeta.com.pl, należącym do krakowskiego przedsiębiorcy Shift. 12 stycznia 2002, zgodnie z sugestią twórców wersji angielskiej, została przyłączona do projektu międzynarodowego i przeniosła się pod adres pl.wikipedia.com, a 22 listopada 2002 na podstawowy do dnia dzisiejszego pl.wikipedia.org. Następnego dnia nastąpiło także przeniesienie zawartości Wikipedii pisanej w języku polskim na serwer z nową wersją oprogramowania (z oprogramowania napisanego w Perlu na napisane w PHP).

27 stycznia 2005 założyciele polskiej edycji Wikipedii, Krzysztof Jasiutowicz oraz Paweł Jochym, otrzymali nagrodę Internetowego Obywatela Roku 2004 przyznawaną przez stowarzyszenie Internet Obywatelski.

W sierpniu 2005 roku zostało założone, a 15 listopada tego samego roku zostało zarejestrowane, Stowarzyszenie Wikimedia Polska, którego celem jest reprezentowanie i wspieranie projektów Wikimedia Foundation, a także działanie na rzecz rozwoju społeczności skupionej wokół tych projektów.