Zniszczenie wsi Wierzchowiny 6 czerwca 1945 było w rozbieżny sposób opisywane przez historyków. Autorzy zgadzają się co do faktu, iż w pierwszych dniach czerwca 1945 dowódca zgrupowania PAS NSZ Marian Mieczysław Pazderski ps. „Szary” zdecydował się na zbrojną interwencję we wsi z powodu poparcia jej mieszkańców dla komunizmu. Jak podaje Grzegorz Motyka, w Wierzchowinach przed II wojną światową działała silna komórka Komunistycznej Partii Polski, zaś już w czasie wojny mieszkańcy popierali PPR. Według Tadeusza Swata miejscowi Ukraińcy ponadto, korzystając z poparcia Niemców, jawnie zwalczali polskie oddziały leśne, zaś po wejściu Armii Radzieckiej na Lubelszczyznę znaczna część mieszkańców Wierzchowin zaciągnęła się w szeregi MO i UB, stworzyła siatkę agentów, wielu z nich otrzymało pozwolenie władz na posiadanie broni krótkiej i maszynowej. Dowódca PAS NSZ, bez uzgodnienia z KO, postanowił zabić najbardziej niebezpiecznych Ukraińców. Miał listę osób, które zamierzał zlikwidować, która według Swata obejmowała ok. 30 nazwisk, zaś według Motyki - 19. W oddziale „Szarego” ok. 1/3 stanowili byli żołnierze 27 Wołyńskiej Dywizji AK, których bliscy padli ofiarą rzezi wołyńskiej i którzy brali udział w polskich akcjach odwetowych na Wołyniu.

6 czerwca 1945 w godzinach rannych oddział „Szarego” (w skład zgrupowania wchodziły oddziały: „Jacka”, „Sokoła”, „Zemsty” i „Szatana”) wszedł do Wierzchowin w mundurach Wojska Polskiego i został przychylnie przyjęty przez mieszkańców, którzy nie zorientowali się, kim są naprawdę żołnierze. Żołnierze „Szarego” opuścili wieś, po czym wrócili i dokonali w niej masowej zbrodni na cywilnej ludności ukraińskiej, której ofiarą padło 196 osób. Według Grünberg i Sprengla ofiar było 194. Tadeusz Swat utrzymuje, że osoby postronne (spoza listy sporządzonej 21 maja), zginęły w czasie walki, która wybuchła we wsi i podczas likwidowania ukrytych we wsi bunkrów. Opierając się na zeznaniach świadków twierdzi, że liczba ofiar nie przekroczyła 50 zabitych. Według tego samego autora już po zakończeniu akcji i wycofaniu się zgrupowania „Szarego”, około godz. 18, niezidentyfikowany oddział, podający się za partyzantów, dokonał masakry w Wierzchowinach. Zdaniem Swata wiele wskazuje, iż była to prowokacja władz bezpieczeństwa, mająca na celu zdyskredytowanie NSZ. Zdaniem Wnuka i Motyki wersja o prowokacji jest niewiarygodna. Zdaniem wymienionych autorów „Szary” zmienił pierwotny plan i zniszczył całą wieś (zamiast planowanej likwidacji jedynie określonych osób), gdyż miał nadzieję na uzyskanie poparcia miejscowej ludności polskiej, doskonale pamiętającej zbrodnie ukraińskiej partyzantki na Polakach. Być może pragnął również storpedować rozmowy i lokalne porozumienia pomiędzy WiN a UPA.

Po spaleniu wsi żołnierze NSZ wycofali się w kierunku wsi Sielec.

23 czerwca 1945 pismo NSZ, „Szczerbiec”, przyznało, iż zbrodni w Wierzchowinach dokonał oddział NSZ. Na łamach gazety stwierdzono, iż był to akt walki z „hajdamackim pasożytem”, zapowiedziano, w razie potrzeby, kolejne takie akcje.

Badanie przebiegu zbrodni

Komisja badająca wydarzenia w Wierzchowinach nie zarządziła ekshumacji masowego grobu ofiar, a jedynie otwarcie jednej z mniejszych mogił, w której znaleziono jedynie dwa ciała, w tym jedno pozbawione głowy. Przebieg wydarzeń ustalono jedynie na podstawie oględzin miejsca zdarzenia oraz zgromadzonych relacji świadków, którzy mówili o mordowaniu wszystkich ukraińskich mieszkańców wsi (także kobiet i dzieci), gwałtach towarzyszących zbrodni oraz o zabijaniu nie tylko przy użyciu broni palnej, ale i siekier, motyk oraz łopat.

Wykorzystanie propagandowe zbrodni

Propaganda komunistyczna wykorzystywała zbrodnię w Wierzchowinach na szeroką skalę, przedstawiała masakrę jako przykład „zdziczenia faszystowskich niedobitków” i czyniła z niej jeden z najważniejszych argumentów na rzecz konieczności zwalczania podziemia antykomunistycznego. Zdaniem Swata jednocześnie podjęto szeroko zakrojoną akcję dezinformacyjną. Podano, że w Wierzchowinach zginęło 396 osób, następnie liczbę tę zmniejszono do 280, by ostatecznie pozostać przy 194. Liczby te miały podawać meldunki dowódców oddziałów NSZ uczestniczących w akcji – „Romana” i „Janusza”, a także kpt. Zygmunta Wolanina „Zenona”. W aktach sprawy sądowej zachowały się jedynie odpisy meldunków, poświadczone pieczęcią i podpisem funkcjonariuszy UB. Meldunki mogły więc być spreparowane przez UB.

Rozbicie zgrupowania „Szarego”

Na wieść o wydarzeniach w Wierzchowinach z Chełma wysłana została 60-osobowa grupa pościgowa złożona z kilku funkcjonariuszy UB, kilkunastu milicjantów i 40 podchorążych szkoły oficerów artylerii WP. Oddziały „Szarego” zastawiły na grupę pościgową zasadzkę, w wyniku której funkcjonariuszy UB i milicjantów zabito, a podchorążych wcielono do swoich szeregów. Po niepowodzeniu tej akcji w pościg ruszyła na samochodach ciężarowych 160-osobowa grupa operacyjna sowieckiego 98. pułku wojsk pogranicznych NKWD, złożona z doświadczonych żołnierzy frontowych (część źródeł podaje, że była to pancerna jednostka Armii Czerwonej i oddziały KBW, liczące w sumie ok. 2 tys. żołnierzy), grupa wyposażona była w samochody pancerne i lotnictwo. W rezultacie doszło do kilkudniowych walk zakończonych całkowitym rozbiciem zgrupowania NSZ. Główne siły „Szarego” (w sile ok. 300 ludzi) zaskoczone 10 (11) kwietnia we wsi Huta w pow. chełmskim, zostały zlikwidowane. Poległo 166 żołnierzy, w tym mjr Pazderski i większość dowódców, rannych zostało 30 żołnierzy NSZ, a do niewoli dostało się 11 osób, reszta rozpierzchła się. Spłonęły także 164 budynki w miejscu starcia. Straty grupy operacyjnej NKWD wyniosły: 1 zabity i 6 rannych, z czego 4 zmarło. Ponadto zginęło 2 funkcjonariuszy UBP i 2 żołnierzy WP. Po bitwie, na pierwszej stronie „Szczerbca” – lokalnego organu NSZ, nr 23 z 23 czerwca 1945 r. – ukazał się nekrolog Mieczysława Pazderskiego.

Wyroki sądowe w sprawie zbrodni w Wierzchowinach

15 czerwca 1953 sąd PRL orzekł, że za wymordowanie Ukraińców w Wierzchowinach odpowiadał oddział Narodowych Sił Zbrojnych, pod dowództwem Mieczysława Pazderskiego „Szarego”. Wyrok ten został potwierdzony opinią sądową z 8 maja 1998. Odmienna opinia zapadła w tej kwestii 4 lutego 1999. Stwierdzono w niej, iż bezkrytycznie przyjęto wyrok komunistycznego sądu z 15 czerwca 1953 i nie wzięto pod uwagę istotnych dowodów i ustaleń historycznych. Niektórzy historycy przytaczają niebędące oryginałami dokumenty, sporządzone jako odpisy przez funkcjonariuszy komunistycznych służb bezpieczeństwa, m.in. MBP. Wiarygodności tych dokumentów nie można jednoznacznie potwierdzić, gdyż wielokrotnie tego typu materiały były preparowane w celu wykorzystania przez komunistyczne władze przeciwko działaczom podziemia niepodległościowego w pokazowych procesach po wojnie, jednak bywają one niejednokrotnie cytowane przez badaczy tamtego okresu. Jeden z niebędących oryginałem odpisów, podpisany adnotacją „za zgodność” przez sowieckiego oficera MUBP, por. Wojciusza – „raport sytuacyjny „Szarego” do dowódcy AS NSZ Okręgu Lublin z 9 czerwca 1945”, stwierdza: „Melduję, że oddziały AS po koncentracji ruszyły pod moim dowództwem na Zamość, według rozkazu. W drodze postanowiono zlikwidować kilka ukraińskich wsi. Pierwszą i najbliższą miała być wieś Wierzkowiny oi Kisłan (...) Wierzchowiny otoczono ze wszystkich stron i wycięto 194 osoby narodowości ukraińskiej. Kilkunastu zdołało uciec”.

Pomordowanych mieszkańców Wierzchowin upamiętnia pomnik-mogiła, znajdujący się w centrum miejscowości. Ma on formę analogionu z otwartą księgą i napisem w dwóch językach: ukraińskim i polskim.