W czasie pogromu we wsi spalono większość domów, oprócz zamordowanych co najmniej kilkunastu mieszkańców zostało rannych, a przynajmniej jedna osoba z nich zmarła następnie z ran. Przed atakiem wieś zamieszkana była przez około 300 polskich mieszkańców, istniało w niej około 60 zabudowań. Partyzanci sowieccy wcześniej często rekwirowali mieszkańcom wsi żywność, ubrania i bydło, dlatego też tutejsi mieszkańcy powołali niewielki ochotniczy oddział samoobrony.

W sprawie masakry w Koniuchach prowadzone jest śledztwo IPN. Dotychczas ustalono, że napadu dokonały radzieckie oddziały partyzanckie stacjonujące w Puszczy Rudnickiej: „Śmierć faszystom” i „Margirio”, wchodzące w skład Brygady Wileńskiej Litewskiego Sztabu Ruchu Partyzanckiego, oraz „Śmierć okupantowi”, wchodzący w skład Brygady Kowieńskiej. Do oddziałów tych należeli Rosjanie i Litwini, większość oddziału „Śmierć okupantowi” tworzyli Żydzi i żołnierze Armii Czerwonej zbiegli z obozów jenieckich. Oddział żydowski liczył 50 ludzi, a oddziały rosyjsko-litewskie około 70 osób. Dowódcami byli Jakub Penner i Samuel Kaplinsky. Według jednego z napastników, Chaima Lazara, celem operacji była zagłada całej ludności łącznie z dziećmi jako przykład służący zastraszeniu reszty wiosek. Według ustaleń Kongresu Polonii Kanadyjskiej, będących podstawą wszczęcia śledztwa, liczba zabitych była większa (ok. 130).

Atak na Koniuchy i wymordowanie tutejszej ludności cywilnej był największą z szeregu podobnych akcji prowadzonych w 1943 i 1944 przez oddziały partyzantki sowieckiej w Puszczy Rudnickiej i Nalibockiej (np. masakra ludności w miasteczku Naliboki).

W maju 2004 w Koniuchach odsłonięto pomnik pamięci ofiar, zawierający 34 ustalone nazwiska ofiar.

W powojennych opracowaniach, na podstawie m.in. relacji żydowskich uczestników ataku na wieś (np. Izaaka Chaima i Chaima Lazara) często podawano informacje o zamordowaniu wszystkich 300 mieszkańców, a także o walkach z oddziałem niemieckich żołnierzy (w innych źródłach litewskiej policji). Jednak późniejsze opracowania nie potwierdziły obecności Niemców czy policjantów w wiosce, a także zakwestionowały tezę, że zginęli wszyscy mieszkańcy wsi (część z mieszkańców uciekła z masakry i przeżyła wojnę). Informacja stwierdzająca, że wymordowani zostali wszyscy polscy mieszkańcy wsi Koniuchy pojawiała się także w ówczesnych meldunkach struktur Polskiego Państwa Podziemnego.

Lista ofiar śmiertelnych w Koniuchch:

• 1. Bandalewicz Stanisław, około 45 lat;
• 2. Bandalewicz Józef, 54 lata;
• 3. Bandalewiczowa Stefania, około 48 lat;
• 4. Bandalewicz Mieczysław, 9 lat;
• 5. Bandalewicz Zygmunt, 8 lat;
• 6. Bobin Antoni, około 20 lat;
• 7. Bobinowa Wiktoria, około 45 lat;
• 8. Bobin Józef, około 50 lat;
• 9. Bobin Marian, 16 lat;
• 10. Bobinówna Jadwiga, około 10 lat;
• 11. Bogdan Edward, około 35 lat;
• 12. Jankowska Stanisława;
• 13. Jankowski Stanisław;
• 14. Łaszakiewicz Józefa;
• 15. Łaszakiewiczówna Genowefa;
• 16. Łaszakiewiczówna Janina;
• 17. Łaszakiewiczówna Anna;
• 18. Marcinkiewicz Wincenty, około 63 lat;
• 19. Marcinkiewiczowa N. (sparaliżowana, spaliła się);
• 20. Molis Stanisław, około 30 lat;
• 21. Molisowa N., około 30 lat;
• 22. Molisówna N., około 1,5 roku;
• 23. Pilżys Kazimierz;
• 24. Pilżysowa N.;
• 25. Pilżysówna Gienia;
• 26. Pilżysówna Teresa;
• 27. Parwicka Urszula, około 50 lat;
• 28. Parwicki Józef, lat 25;
• 29. Rouba Michał;
• 30. Tubin Iwaśka (?), około 45 lat;
• 31. Tubin Jan, około 30 lat;
• 32. Tubinówna Marysia, około 4 lat;
• 33. Wojsznis Ignacy, około 35 lat;
• 34. Wojtkiewicz Zofia, około 40 lat;
• 35. Woronisowa Anna, 40 lat;
• 36. Woronis Marian, 15 lat;
• 37. Woronisówna Walentyna, 20 lat;
• 38. Ściepura N. - krawiec z miejscowości Mikonty