Stanisław Józef Thugutt (ur. 12 maja 1862 w Kaliszu, zm. 27 grudnia 1956 w Krakowie), polski mineralog. Syn Stanisława Antoniego (1836-1869).

Starszy brat Stanisława Thugutta, polityka, ministra spraw wewnętrznych. Od 1915 profesor Uniwersytetu Warszawskiego w Warszawie, od 1919 również Politechniki w Warszawie. Prowadzone przez profesora dotyczyły mineralogii teoretycznej i eksperymentalnej. Interesował się minerałami z grupy skalenoidów i zeolitów. Był założycielem i długoletnim redaktorem czasopisma: "Archiwum Mineralogiczne" ukazującym się od 1925.

Od 1913 członek AU, od 1921 członek Polskiej Akademii Umiejętności w Krakowie. Od 1952 członek Polskiej Akademii Nauk. Autor ponad 90 prac naukowych, w tym szereg prac specjalnych, zwłaszcza z dziedziny krzemianów.

Po wkroczeniu do Polski Armii Czerwonej w 1945 osiemdziesięciotrzyletni profesor i jego dzieci Bohdan i Wanda (oboje żołnierze AK) zostali aresztowani przez NKWD. Profesora po niedługim czasie zwolniono na skutek próśb polskich naukowców, ale Wanda zmarła w łagrze w ZSRR, a Bohdan do 1948 był więziony w łagrze w ZSRR, gdzie stracił nogę, zaś po powrocie do kraju przez cztery lata więziony był przez polskie władze komunistyczne.

Członek honorowy Polskiego Towarzystwa Geologicznego.

Prace naukowe

• "Mineralogische Studien" (1891)
• "O reagonicie, nowym produkcie wietrzenia nefelinu" (1899)
• "O nowym sposobie mikrochemicznym rozpoznawania kalcytu" (1911)
• "O pochodzeniu skaleni pegmatytowych" (1926)