Jan Nepomucen Małachowski herbu Nałęcz (ur. 1765 w Końskich, zm. 1822 we Lwowie) – polski hrabia, działacz polityczny, starosta opoczyński w latach 1783-1822, wolnomularz.

Syn Mikołaja i Marianny Ewy Męcińskiej, starszy brat Stanisława Aleksandra.

W 1785 został kawalerem Orderu Świętego Stanisława. Marszałek Trybunału Koronnego w Piotrkowie w latach 1786-87; następnie poseł na Sejm Czteroletni (1788-92). W latach 1789-92 na misji dyplomatycznej w Dreźnie, gdzie pełnił funkcję posła pomocniczego. W latach 1792-1795 referendarz wielki koronny, uczestnik insurekcji kościuszkowskiej 1794. Mianowany przez Radę Zastępczą Tymczasową sędzią Sądu Kryminalnego Księstwa Mazowieckiego. W tym samym roku ożenił się z Rozalią Świdzińską. 1807 został dyrektorem skarbu w Komisji Rządzącej, później prezesem Trybunału Apelacyjnego. Od 1810 r. pełnił funkcję senatora-kasztelana w Księstwie Warszawskim, oraz senatora-wojewody w Królestwie Polskim.

Został pochowany na Cmentarzu Łyczakowskim we Lwowie.

Miał czworo dzieci:

• Władysław Ignacy Małachowski (ur. 1800, zm. 1870 r.), hrabia. Żonaty z Hortensją Małachowską herbu Nałęcz, córką Ludwika (u. 1783, zm. 1856 r.) i Ludwiki Komar;
• Cecylia Małachowska;
• Helena Małachowska;
• Stanisław Małachowski (1793-1883).