Dzimis  amatnieka ģimenē Durbes Ķiviļos. Mācījies Durbē privātskolā. Viņa tēvs Atis bija apprecējis māju saimnieci Katrīni Ķīvili. Viņus laulājis iecienītais Durbes draudzes mācītājs Katerfelds, kas apm. gadu vēlāk nokrista tajā pat baznīcā jaunā pāra pirmdzimto dēlu Jēkabu.

1886.–1890. Liepājas ģimnāzijā.

Studējis medicīnu no 1890.–1895. Tērbatas universitātē.

1903.–1907. Sanktpēterburgas Kara medicīnas akadēmijā.

1896.–1897. ārsts Lazdonā.

1897.–1903. karaklausībā.

1904.–1905. Krievijas Japānas karā.

1907.–1914. un 1918.–1920. ārsts Liepājā.

1914.–1918. kara ārsts dažādās vietās.

1924.–1944. Latvijas universitātes docētājs, aktīvs sabiedrisks darbinieks. Daudz publikāciju  speciālajā presē, arī ārzemēs.

Pirmais Medicīnas fakultātes ķirurģijas katedras vadītājs - profesors Jēkabs ALKSNIS bija viens no pieredzējušākajiem Latvijas ķirurgiem. Viņam bija kara ķirurga pieredze Krievijā un Latvijas atbrīvošanas cīņās. Viņa vadībā klīnikā galvenokārt pilnveidoja vēdera dobuma ķirurģiju. Profesora Alkšņa klīnikā lielu vērību pievērsa arī uroloģijai, šeit par speciālistu-urologu izveidojās profesora dēls Arvēds ALKSNIS (skat. arī „Hospitālās ķirurģijas katedra”).

1898. Rīgas Latviešu biedrības Zinību komisijas “Rakstu krājumā”  publicējis bibliogrāfisku “Zinātnisku grāmatu pārskatu 1896.g.”,  kur analizēti populārzinātniski izdevumi.

Komunistu varai sākoties Alksnis aiziet pensijā, ko nekad nesaņem. Viņa īpašumus nacionālizē un pašu izmet no dzīvokļa, neļaujot pat paņemt līdzi visas mantas. A. pāriet dzīvot pie jaunākās meitas, bet no visa pārdzīvotā A. sieva saslimst un pēc neilgas slimošanas mirst 1941. g. martā. Trimdā Alksnis dodas 1944. g. septembrī un vispirms nonāk Mīlhauzenā, Tīringā, kur uzturas kopā ar savām meitām un to ģimenēm. Sabiedroto karaspēkam ienākot Tīringā A. pieteicas ārsta darbam. Tā kā viņš labi pārvalda krievu un vācu valodas, viņam uztic bijušo un tagadējo gūstekņu aprūpi. Kad baumas par Mīlhauzenas nodošanu krieviem pieņemas ticamībā, A. ar piederīgiem dodas uz Getingenu un no turienes uz Detmoldu, bet 1945. g. novembrī pārceļas uz Blombergas latviešu nometni. Ņemot vērā A. vecumu UNRRA aktīvā darbā viņu nesaista, bet uztic ārsta konsultanta pienākumus. Blombergas viduskolā A. uzņemas vācu valodas un bioloģijas pasniegšanu, ko veic līdz 1948. g. vasarai, kad kopā ar vidējās meitas ģimeni izceļo uz Angliju. Prakses tiesības Anglijā Alksnim nav, arī valoda sagādā grūtības. Kamēr vien veselība atļāva A. aktīvi piedalījās Londonas latviešu sabiedriskajā dzīvē, lasīdams lekcijas un noturēdams akadēmisko runu L.U. gada svētkos. Londonas avīzē viņš ievieto rakstus, lielāko tiesu atmiņas. Daugavas Vanagi un Latviešu Biedrība Lielbritānijā ievēlējušas viņu par goda biedri. Neiztrūkstošs viesis A. ir Kalpaka bataljona piemiņas svētkos Londonā. A. veselība pasliktinās. Vēl 1952. g. viņš jutās diezgan spirgts, bet pēc smagākas apaukstēšanās viņa spēki sāka zust, sevišķi strauji 1955. g. februārī. Pēdējais pagrieziens uz ļauno pusi notiek 1956. g. Ziemassvētku priekšvakarā. Nedēļu vēlāk viņu ievieto slimnīcā. Stāvoklis pēkšņi strauji pasliktinājās pēdējās februāra dienās. 6. martā A. bija jau pusnesamaņā un 7. marta vakarā klusi slēdza acis uz mūža dusu. Viņu pārpelno 1957. g. 14. martā Londonas Kensal Green krematorijā un pelnus 1957. g. vasarā gulda Brukvūdas kapu latviešu nodalījumā.

1995.gadā pārapbedīts Rīgas Meža kapos.

Grāmata: "Prof. Dr.med. Jēkabs Alksnis. Dzīves stāsts, atmiņas, darbi", Londona, 1970.g.

Avots : Latvijas grāmatniecības darbinieki līdz 1918.gadam - datu bāze

            Latvijas ārstu un zobārstu apvienības apkārtraksts, 01.10.1957