Евгений Фрейгофер родился 7 (20) декабря 1904 года в селе Краснояруга (?) (ныне Курганская область).

В 1931 году окончил Одесский мелиоративный институт по специальности инженер-гидротехник.

Участвовал в строительстве канала Москва — Волга.

В 1937—1940 работал в институте «Гидропроект»: руководитель группы, начальник отдела.

С 1940 года начальник отдела управления Главгидростроя.

Во время Великой Отечественной войны работал на строительстве оборонительных сооружений в системе НКВД СССР, главный инженер управления военно-строительных работ № 200 (65-е управление военно-полевого строительства, Северо-Западный фронт), военинженер 3-го ранга.

В 1952—1968 годах начальник отдела бетонных работ, с 1968 году главный технолог Главгидростроя. Руководил проектированием бетонных работ на крупных гидроузлах в СССР и за рубежом: Волго-Донской канал имени В. И. Ленина, Цимлянский гидроузел, Волжские гидроэлектростанции имени В. И. Ленина и имени XXII съезда КПСС, Нижнекамская, Усть-Илимская, Ингурская, Рижская ГЭС, Асуанская плотина в Египте, канал Иртыш — Караганда.

Один из авторов изобретения «Устройство для уплотнения бетонных смесей».

Евгений Фёдорович Фрейгофер умер 11 декабря 1974 года. Похоронен в Москве на Введенском кладбище (21 участок).