Dzimis 1908. gada 2. janvārī Trikātas pagasta "Jaunā krogā" skolotāja un veikalnieka Mārča (Mārtiņa) Ķepīša un viņa sievas Emmas, dzimušas Viduces, ģimenē kā jaunākais dēls. Kad Jānim bija četri gadi, ģimene pārcēlās uz Valmieru, kur viņa tēvs strādāja par grāmatvedi un māte par šuvēju. Mācījās Valmieras Pakalniņa pagastskolā, tad Valmieras ģimnāzijā un līdztekus Valmieras mūzikas skolā apguva klavierspēli. Pēc skolas beigšanas 1926. gadā bija Valmieras Svētā Sīmaņa baznīcas ērģelnieks.

Studēja Latvijas konservatorijā, beidza Jāzepa Vītola kompozīcijas klasi (1931), Paula Šuberta klavieru klasi (1932) un Jāņa Mediņa diriģēšanas klasi (1934). Papildinājās klavierspēlē Parīzē pie R. Kazadezī un Visbādenē pie V. Gizekinga. 1933. gadā apprecējās ar Salliju Bērziņu, viņu ģimenē piedzima bērni Ināra (1936) un Andris Jānis (1940).

Strādāja par koncertmeistaru Latvijas Radio (1934–1952), Otrā pasaules kara laikā 1944. gada 18. jūnijā Trikātas baznīcā salaulājās ar dziedātāju Elvīru Volšteini (1912–1990). Viņu ģimenē piedzima dēli Andulis (1945), Egils (1948–2001), Uldis (1953).

Pēc kara beigām Jānis Ķepītis bija Latvijas Valsts konservatorijas profesors Kameransambļa klasē (1945–1984), vasarās saimniekoja mantotajās "Vecķepīšu" mājās.

Miris 1989. gada 9. augustā, apglabāts Baltezera kapos.

Uzrakstījis 6 simfonijas, 2 operas un 2 baletus, 3 vijoļkoncertus, 7 kamermūzikas trio skaņdarbus, kantātes, skaņdarbus pūšamajiem un stīgu instrumentiem, dziesmas bērniem, tautasdziesmu apdares, 5 latviešu tautasdejas simfoniskā orķestra pavadījumā.