Ar apmēram 100 kuģu reisiem Latviju pameta aptuveni 51 tūkstotis cilvēku. Gandrīz 5 tūkstoši no tiem nemaz nebija vācieši. Bet 1941. gadā no okupētās Latvijas izceļoja vēl 11 tūkstoši cilvēki. Palika tikai ap 1500 vācbaltiešu. Tikai 5% piederēja muižniecībai, bet 10% turīgajam un izglītotajam augšslānim. Pārējie bija zemnieki, amatnieki, strādnieki vai sīkpilsoņi.

Šo notikumu fonu veidoja PSRS un Vācijas 1939. gada 28. septembra konfidenciālais protokols par vācu tautības cilvēku izceļošanu uz Vāciju no padomju jurisdikcijā esošām teritorijām. Minētais protokols tiešā veidā uz Latviju neattiecās. Taču tas izrietēja no realitātes, ko noteica Otrā pasaules kara sākums. Saikne ar Molotova–Ribentropa (nacionālsociālistu- komunistu) paktu pastāvēja, un arī salīdzinājums ar 5. oktobra bāzu līgumu būtu vietā.

Latvijas valdība atbalstīja vācu tautības pilsoņu aizbraukšanu. Bija liels spiediens no varas iestādēm un preses, policija apstaigāja ģimenes un mudināja izceļot. Ne viss bija likumīgi.

Prasībai atteikties no pilsonības bez tiesībām to atjaunot nebija juridiska pamata. Jau 1939. gada beigās Latvijas varas iestādes nolēma slēgt visas vācbaltiešu izglītības iestādes un sabiedriskās organizācijas. Tomēr tobrīd 10 tūkstoši vācbaltiešu izvēlējās palikt dzimtenē pat tad, ja nāktos atteikties no savas valodas un kultūras.

Vācbaltiešu aizbraukšana Latvijai nedeva lielāku drošību. Jau 1940. gadā izrādījās, ka valsts īstie ienaidnieki bija dažādu tautību komunisti un padomju okupanti, nevis Latvijas pilsoņi, kas runāja vāciski. Vājinājās arī kultūras saikne ar Eiropu, ko gadsimtiem ilgi Latvijai deva vācu valoda un vācbaltiešu izglītotie slāņi.

Ārzemēs vācbaltieši piedzīvoja traģisku likteni. Apmēram 20% gāja bojā Otrā pasaules kara laikā. Tas ir divreiz augstāks skaitlis nekā vidēji Latvijas pilsoņiem. Atpaliek tikai no ebreju kopienas zaudējumiem, jo vairāk par 75% Latvijas ebreju tika noslepkavoti holokaustā.

Vēlāk vācbaltieši izklīda Vācijas teritorijā, bet apmēram 10% izceļoja uz Kanādu, ASV vai Austrāliju. Pēc kara bija gadījumi, kad vācbaltieši vēlējās saņemt Latvijas pases sūtniecībā Londonā. Taču viņiem tika atteikts. Citi mēģināja pievienoties latviešu bēgļu nometnēm Vācijā, taču tika padzīti administrācijas nostājas dēļ.