Livonijas ordenis jeb Svētās Marijas Vācu Nama Jeruzalemē brālība Livonijā (latīņu: Fratres de Domo Sanctae Mariae Theutonicorum Jerusalemitana per Livoniam) bija Vācu ordeņa atzars Livonijā, kas izveidojās pēc Zobenbrāļu ordeņa sagrāves Saules kaujā 1236. gadā.

1237. gada 14. maijā Romas pāvests Gregorijs IX parakstīja rīkojumu par ordeņu apvienošanu.

Livonijas ordenim sākotnēji tika piešķirts Svētās Marijas karogs, ko tie zaudēja  Aizkraukles kaujas laikā 1279. gadā, kurā Lietuvas dižkunigaitijas valdnieks Traidenis sakāva krustnešu spēkus, kas atgriezās no karagājiena uz Kernavi un netālu no Aizkraukles (prope Asscheraden) apmetās uz atpūtu. Kaujā krita Livonijas ordeņa mestrs Ernsts fon Rasburgs, Kokneses bruņinieks Johans fon Tīzenhauzens un tika nāvīgi ievainots Rēveles dāņu bruņinieku kapteinis Eilarts Hobergs, kopā ordenis kaujā zaudēja 71 bruņinieku.

Kaujas sekas bija zemgaļu sacelšanās ķēniņa Nameiša vadībā, kas noslēdza savienību ar Lietuvas dižkunigaiti Traideni.

Pēc Vācu ordeņa Prūsijā likvidācijas Livonijas ordeņa mestrs atbrīvojās no nominālās atkarības attiecībā pret Vācu ordeņa lielmestru un 1526. gadā tika iecelts par Svētās Romas impērijas firstu.

Līdz 16. gadsimtam Livonijas ordeņvalstij (vācu: Meistertum Livland) Latvijas teritorijā pastāvēja 11 komturijas (komturejas) - 

• Rīgas komturija, 
• Aizkraukles komturija, 
• Siguldas komturija, 
• Daugavgrīvas komturija, 
• Ventspils komturija, 
• Kuldīgas komturija, 
• Jelgavas komturija, 
• Dobeles komturija, 
• Cēsu komturija, 
• Alūksnes komturija un 
• Daugavpils komturija,

kā arī piecas fogtijas (fogtejas) - 

• Bauskas fogtija, 
• Grobiņas fogtija, 
• Kandavas fogtija, 
• Rēzeknes fogtija un 
• Sēlpils fogtija.

Komturi bija pārvaldnieki svarīgākajās ordeņa pilīs un tām pakļautajās komturijās. Fogti bija pārējo ordeņa piļu un pilsnovadu pārvaldnieki.

1502. gada septembrī Livonijas ordeņa mestrs Valters fon Pletenbergs uzvarēja lielu Maskavijas karaspēku kaujā pie Smoļinas ezera netālu no Latgales ziemeļu robežas. Šī uzvara nodrošināja vairāk kā 50 gadus ilgu miera periodu, kurā krievi vairījās iebrukt Livonijā.

1557. gada septembrī Livonijas ordeņa mestrs Vilhelms fon Firstenbergs Livonijas konfederācijas vārdā noslēdza vienošanos ar Polijas karali un Lietuvas dižkungu Sigismundu II Augustu par savstarpēju palīdzību pret Maskaviju.

1560. gadā, Livonijas karā, Krievijas cara Jāņa Briesmīgā (Joana IV) karaspēks sakāva ordeņa spēkus Ērģemes kaujā.

Sakautais ordenis noslēdza padošanās paktu ar Polijas karali un Lietuvas dižkungu Sigismundu II Augustu, kas jau kopš 1557. gada bija noslēdzis protekcijas līgumu ar Rīgas arhibīskapu un ordeni. Pēc Viļņas ūnijas parakstīšanas ar Polijas karali un Lietuvas dižkungu Sigismundu II Augustu, Livonijas konfederācija tika iekļauta Polijas-Lietuvas kopvalsts sastāvā. Uz ziemeļiem no Daugavas tika izveidota Pārdaugavas hercogiste tiešā Lietuvas pārvaldībā, bet tās dienviddaļā tika izveidota autonoma Lietuvas vasaļvalsts Kurzemes un Zemgales hercogiste, par kuras pirmo valdnieku kļuva pēdējais ordeņa mestrs Gothards Ketlers.

Bijušās Dāņu Igaunijas zemes ieņēma Zviedrija.