Dzimis 1938. gada 17. janvārī. Studēja vēsturi Maskavas Pedagoģiskā institūta Vēstures fakultātē, ko beidza 1960. gadā. Maskavā iepazinās ar tur studējošajiem Knutu Skujenieku un Ainu Zābaku. Vēlākajā apsūdzībā bija minēts, ka "dzīvodams Maskavā, Kalniņš [..] savā dzīvoklī klausījās pretpadomju satura ārzemju radio pārraides, pie kam vairākkārt pieļāva, lai šīs pārraides kopā ar viņu noklausās arī Knuts Skujenieks". Pēc atgriešanās dzimtenē bija Republikāniskās arodbiedrību padomes "Biļetena" literārais līdzstrādnieks.

Apcietināts 1962. gada jūnijā un apsūdzēts par to, ka piedalījies nacionālās pretestības grupas "Baltijas federācija" veidošanā. Citi apcietinātie grupas dalībnieki bija Gunārs Rode, Dailis Rijnieks, Jānis Rijnieks, Aina Zābaka, Ziedonis Rozenbergs un Uldis Ofkants. Lietu LPSR Augstākā tiesa izskatīja no 1962. gada 28. novembra līdz 28. decembrim. Par pretpadomju aģitāciju, un grupas organizešanu un dzimtenes nodevības mēģinājumu tiesnesis Raimonds Brīze G. Rodem un D. Rijniekam piesprieda 15 gadus, A. Zābakai — 12, U. Ofkantam un V. Kalniņam — 10 gadus, Z. Rozenbergam — sešus, Jānim Rijniekam — piecus gadus ieslodzījumā. Ieslodzījumu pavadīja stingra režīma nometnē Mordovijā, kur iepazinās ar Gunāru Astru.

Pēc atbrīvošanas 1972. gadā, lai iegūtu pierakstu Rīgā, 1973. gadā salaulājās ar bijušo politieslodzīto Helēnu Celmiņu, kas 1962. gadā bija apcietināta par to, ka franču žurnālistiem bija pastāstījusi par cilvēktiesību pārkāpumiem PSRS.  VDK aģenti "Ozols" un "Pols" ziņoja, ka Viktors Kalniņš kopā ar G. Astru, I. Cālīti, I. Žukovski, Juri Ziemeli, E. Prauliņu, E. Danni un J. Pūpolu pulcējušies pie Ernesta Laumaņa kapa Rīgas 2.Meža kapos.

1977. gadā viņu izsekoja un kopā ar Intu Cālīti apcietināja par nodomu veidot Latvijas, Lietuvas, Igaunijas nacionālās atbrīvošanas komiteju un nodibināt nelegālu žurnālu “EsLaLi”. Viņa sievai Helēnai ļāva izbraukt uz Rietumeiropu, bet V. Kalniņu aizturēja pratināšanas pabeigšanai. Starptautisko protestu dēļ arī viņam ļāva izbraukt 1978. gada jūnijā. Abi pārcēlās uz dzīvi ASV, kur Viktors Kalniņš strādāja dažādus darbus, arī Radio Brīvā Eiropa.

1994. gadā Viktors Kalniņš ar sievu atgriezās Latvijā un mūža nogali pavadīja Zoitūdē.

Miris Rīgā, 2001. gada 28. oktobrī.