Mārtiņš Misiņš piedzima Ikšķiles pilsnovada Berkavas muižas ''Bandomeijeros'' sm-ka Miķeļa Misiņa (1802-1877) un Dārtes (dz. Priede, 1820-1900) ģimenē, kā 3. bērns. 1865. gadā Mārtiņu, kā jaunāko dēlu rekrutēja cara armijā, kur latviešu jauneklis guva iespēju iegūt bezmaksas izglītību, pabeidzot unteroficieru kursus. 1876. gadā Rīgā ar biļeti Nr. 3184, Mārtiņš Misiņš tika atvaļināts rezervē un palika armijas virsdienestā, kur strādāja par kara ierēdni militierschriber. 1877. gada 17. janvārī Rīgas Jēzus draudzē Mārtiņš Misiņš tika salaulāts ar 20 g.v. jaunavu Ģertrūdi Šarloti Sahanovičs (1855-1918) Pētera S. un Annas Karolīnes (dz. Grube saukta Pidiņa) meitu. Mārtiņam sieva dāvāja 5 bērnus, no kuriem 2 nomira - vecākais dēls Pauls Johans Mārtiņš Misiņš (1877-1896) un jaunākā meita Emma Aleksandra (1885-1887). Ģimene dzīvoja Rīgā.