Jēkabs Dzirkalis dzimis Valkas apriņķa Mēra pagasta "Muižniekos". Mācījies Smiltenes Valsts ģimnāzijā un Rīgas Valsts technikumā, specializējies dzelzceļu ekspluatācijā.

1936. gadā iesaukts obligātajā kara dienestā Vidzemes divīzijas sakaru rotā. Mācījies instruktoru - virsnieka vietnieku kursos. 

Pēc II Pasaules kara kopā ar sievu Eleonoru (dz.Čakars) nokļva Vācijā, pēc tam Anglijā, Lesterā. Strādājis Desfordas speciāli audzināmo zēnu skolā. Darbojies Daugavas Vanagu organizācijā. 

Jānis Dzirkalis un viņa sieva Eleonora apglabāti Palsmanes kapsētā. 

Avots: Jurģis, P. J. (2003), 'Jēkabs Dzirkalis – jauneklīgs deviņdesmitgadnieks', Brīvā Latvija: Apvienotā "Londonas Avīze" un "Latvija"(38).