Dzimis 1893. gada 8. septembrī Cēsu apriņķa Drabešu muižas kalpa ģimenē. Mācījās Biķernieku un Ropažu draudzes skolās, Valmieras skolotāju seminārā, Rīgas, Kazaņas un Pēterburgas mākslas skolās. Strādāja Rīgas Latviešu teātra dekorāciju darbnīcā, 1916. gadā kļuva par Rīgas Latviešu biedrības teātra, 1919. gadā par Valmieras Strādnieku teātra aktieri. Liepājas Jaunā teātra režisors, vienlaikus Liepājas Tautas augstskolas dramatiskās studijas vadītājs (1922—1926), Latvijas Nacionālā teātra un Latvijas Nacionālās operas režisors (1926—1944), kur 1937. gadā viņa vadībā tapa Alfrēda Kalniņa "Baņutas" jauniestudējums, ko kritika vērtēja daudz augstāk nekā pirmo 1920. gada versiju.

Otrā pasaules kara beigās 1944. gadā devās bēgļu gaitās uz Vāciju, 1952. gadā izceļoja uz Angliju, kur darbojās latviešu teātra trupās. 1962. gadā atgriezās Latvijā, bija Latvijas PSR operas un baleta teātra režisors (1962—1979).

"Latvija Amerikā" 1962.gada 22.decembrī raksta: "Cik mājīgi jūtas tie, kas atgriezušies, liecinot režisora Jāņa Zariņa liktenis. Režisors izolējies no tiem, kas viņu gribētu satikt, nevienu nepieņemot un ar lielām aizdomām uzlūkojot katru, kas viņam tuvojas. Tādā kārtā čeka ir panākusi savu, neviens no tautiešiem dzimtenē nedrīkst zināt, kā dzīvo latviešu trimdinieki. Pats aizbraucējs nogrimis dziļā vientulībā, kas jau līdzinās depresijai."

1962.gada 23.jūnija "Laiks" raksta: "Režisoram Jānim Zariņam, kas 17. jūnijā ieradās Rīgā no Londonas, bija sarīkota sagaidīšana stacijā ar ziediem un apsveikuma runām, ko pārraidīja Rīgas radiofonā. No Zariņa atbildes vārdiem izriet, ka viņš jau instruēts Maskavā, kur to sagaidījuši "pārstāvniecības cilvēki." Jāņa Zariņa atgriešanās, kā saka, bija piekārta pie lielā zvana, kura skandināšana turpināsies labu laiku. Ļoti iespējams, ka tam bija pieskaņota Vilhelma Muntera jaunā raksta iespiešana Cīņā, ar kura beigu vārdiem radio ziņotājs noslēdza reportāžu par režisora Zariņa sagaidīšanu Rīgas stacijā. Jaunais sauklis ir: "Latvija, ņem mani," bet nevis jāprasa: "Latvija, ko tu man dosi?"  Vārdu sakārtojums nedaudz citādāks, bet pamatdoma tā pati, kas bija Kārlim Ulmanim, ko komunisti nobendēja un kura darbu labo slavu padomju valdība pūlas izdzēst no latviešu sirdīm jau 22 gadus. Grūtos apstāk|os, kādi Latvijas komunistu vadītājiem pašreiz neapšaubāmi ir, tie gatavi paatapināt arī Kārļa Ulmaņa aicinājumu. Rīgas stacijā, kā ziņoja radio reportieris, bija ieradušies "pazīstami mākslinieki, rakstnieki, komponisti." Uzrunu teica Rihards Zandersons: "Gaidām Tavu līdzdalību visā šajā lielajā celtniecības darbā, kurā mēs esam rokas atrocījuši. Pirmai informācijai te ir teātru dekādes afiša un jaunā Literātūrā un Māksla..." „Te ziedi, mī|ais Jāni," nodeklamēja Anta Klinte. "Esmu laimīgs — teica Zariņš — ka padomju Latvijas valdība parādījusi tādu pretimnākšanu, aicinot mani darbā." Viņš cerot, ka vēl ar saviem spēkiem varēs „atgūt to nokavēto, ko jūs esat sen jau sasnieguši un kam jau pārgājuši pāri. No manis tas prasīs, protams, daudz spēka, daudz enerģijas, bet ar jūsu palīdzību, ar draugu sirsnīgu palīdzību un pasniegtām rokām, ceru, ka es varēšu iekļauties jūsu vidē un darīt vēl savas tautas, savas dzimtenes labā."