Dzimis Kārsavas novada Salnavas pagastā kā vecākais dēls četru bērnu ģimenē.

Izglītojies Ļeņingradas Augstākajā kara-politiskajā akadēmijā.

Uzreiz pēc 1991.gada puča iestājās Zemessardzē. 10 oktobrī iecelts par 36. Rēzeknes bataljona štāba priekšnieku.

Pulkvedis J.Žagata ir viens no Latvijas vēsturē nozīmīgākajiem  Zemessardzes dibinātājiem un veidotājiem.

No 1993. līdz 2003.gadam Latvijas Republikas Zemessardzes Latgales 3.brigādes komandieris.

Apbedīts Balvu novada Tilžas pagasta Kāpessila kapos līdzās Brivības cīņu varoņiem.