Dzimis 1903. gadā Lizumā.

Tēvs Oto un māte, dz.Aizkalniete, bija ieguvuši Stopānu mājas.

Mācijies Lizumā, Smiltenē un Rīgas 1.Pilsētas ģimnāzijā.

Studējis Latvijas Universitātes Arhitektūras fakultātē. Ieinteresējusi latviešu tautas celtniecība.

Piedalījās fakultātes un Pieminekļu valdes rīkotās etnogrāfiskās ekspedīcijās.

Kad Pieminekļu valde sāka iekārtot Brīvdabas muzeju, J.Jaunzemam uzticēti pārziņa pienākumi.

Publicējies žurnālā "Senatneun Māksla" un citos izdevumos.

1944. gadā Brīvdabas muzejā devis patvērumu bēgļu pajūgiem, vēlāk pats ar ģimeni tiem pievienojās un apmetās Kuldīgas tuvumā, gaidot uz iespēju caur Ventspili doties uz Zviedriju.

Bēgļu gaitu sākumā mirst J.Jaunzema sieva Vallija, dzim. Kaktiņa, kas dāvājusi viņam divus dēlus. Pēc laika devies laulībā otrreiz. Sieva Ilze, dzim.Kārkliņa.

Atstāt Latviju Jaunzemu ģimenei tomēr nav izdevies.

Jaunā Brīvdabas muzeja vadība noraidījusi J.Jaunzema vēlmi turpināt strādāt iepriekšējā darbavietā.

Dzīvojis Gulbenē. Strādāja par lauku un kolhozu celtniecības nodaļas vadītāju.

Paralēli maizes darbam nodevies tautas celtniecības pētniecībai.

1978. gadā miris. Apbedīts Lizumā.