Dzimis 1880. g. 25. aug. Mētrienas pag. Cinastēs lauksaimnieka ģimenē.

Tēvs Jānis, māte Made, dz. Kalniņa. Latvietis, pareizticīgs.

Mācījies Ļaudonas draudzes skolā, ģimnāzijā Rīgā, 1907. g. pavasarī ar I šķ. diplomu beidzis TU Juridisko fakultāti.

No 1907. g. jūl. jaunākais tiesamatu kandidāts Kauņas apgabaltiesā, 1907. g. nov. iecelts par kriminālnodaļas sekretāra palīgu (1909. g. apr. par sekretāru).

No 1909. g. apr. vecākais tiesamatu kandidāts. 1910. g. jūl. ievēlēts par pilsētas tiesnesi Panevēžā, 1912. g. janv. tādā pašā amatā Kauņā. No 1912. g. sept. izmeklēšanas tiesnesis Kauņas apgabaltiesā, Telšu apr. Sasniedzis kolēģijas asesora civildienesta rangu.

1. pasaules kara laikā 1915. g. apr. tiesas iestādes evakuētas uz Maskavu. No 1915. g. okt. Kalugas apgabaltiesas izmeklēšanas tiesnesis. 1917. g. pavasarī ievēlēts par Kalugas apgabaltiesas svarīgu lietu izmeklēšanas tiesnesi. 1918. g. 15. martā atbrīvots no amata.

Pārcēlies uz Maskavu, no 1918. g. marta I šķ. statistiķis Maskavas Centrālajā pārtikas statistiskajā nodaļā, vēlāk nodaļas pārziņa palīgs.

1919.– 20. g. maijā ieņēmis dažādus kancelejas amatus Maskavas Galvenajā apkures pārvaldē un Galvenajā ūdensceļu pārvaldē.

1920. g. maijā–25. dec. krievu valodas un literatūras, vācu valodas, konstitūcijas pamatprincipu skolotājs 2. pakāpes skolā “Iskra” pie Voskresenskas (tag. Istra), Maskavas gub.

1920. g. beigās atgriezies Latvijā. 1921. g. janv. iecelts par Rīgas apgabaltiesas prokurora biedru.

No 1921. g. 10. marta Rīgas apgabaltiesas loceklis; 1921. g. 15. apr. piekomandēts Tiesu palātai, uzdodot veikt iepriekšējo izmeklēšanu par Dzelzceļa virsvaldes centrālās materiālu apgādes ierēdņu negodīgu rīcību.

No 1922. g. 23. febr. Tiesu palātas loceklis (1922. g. 14. jūl. Satversmes sapulce apstiprinājusi par tiesnesi), uzdodot turpināt minētās lietas izmeklēšanu (1922. g. jūl. sevišķā komisija Latvijas Dzelzceļu virsvaldes materiālu apgādības lietā darbību izbeigusi). 1930. g. dec. piekomandēts Civildepartamentam, 1931. g. apr. Krimināldepartamentam. 1932. g. beigās–1940. g. martā bijis arī Tieslietu ministrijas juriskonsults.

Līdz 1935. g. 22. jūl. Latvijas Pareizticīgās baznīcas sinodes loceklis (atbrīvots pēc paša lūguma).

Darbojies Latvijas Tiesnešu biedrībā, Latvijas Krimināltiesību biedrībā. Bijis Tieslietu ministrijas juriskonsultācijas loceklis.

Vācu okupācijas laikā no 1941. g. sept. Latvijas ģenerālapg. Zemes pašpārvaldes Tieslietu ģenerāldirekcijas Tiesu palātas Krimināldepartamenta tiesnesis.

1944. g. aug. beigās devies bēgļu gaitās uz Vāciju.

1947. g. izbraucis uz Ēģipti un pievienojies tur esošajai ģimenei (Ēģiptē dzīvojusi no 1938. g.). Dzīvojis Helvanā netālu no Kairas. 1952. g. izceļojis uz Zviedriju, kur dēls strādājis Zviedrijas Ārlietu ministrijā.

Miris 1969. g. 27. sept. Stokholmā, Zviedrijā.

Apbalvojumi: Latvijas TZo III šķ.

Precējies ar Annu Pokrovsku (dz. 1893. g. 29. dec.), meita Irēna (1912. g. 25. sept.– 1937. g.), dēls Jānis Ilmārs (dz. 1925. g. 27. sept.–1988. g. 5. novembrī Stokholmā, Zviedrijā; jurists, Zviedrijas vēstnieks Īrijā).

Studentu korporācijas “Fraternitas Vesthardiana” goda filistrs.

A. LNA LVVA, 1536. f., 2. apr., 90. l.; 27. apr., 20. l.; LVA, 2710. f. (Personiskais fonds); EVP; Senatoram Jānim Beķerim 80 gadu. Laiks. 1960. g. 20. aug.

No tieslietu ministra v. i. K. Veitmaņa 1939. g. 14. aug. raksta Ārlietu ministrijai: “Komandēju Tiesu palātas locekli Jāni Beķeri uz Itāliju un Ēģipti iepazīties ar šo valstu tiesu iekārtu, kādēļ lūdzu izdot viņam dienesta pasi, derīgu no š. g. 15. augusta līdz 15. novembrim. Beķers brauks caur Lietuvu, Poliju un Vāciju.” (LNA LVVA, 1536. f., 2. apr., 90. l., 6. lp.)

No 1940. g. 17. nov. rakstītās J. Beķera autobiogrāfijas: “Tēvs blakus savam pastāvīgam zemkopja darbam daudzus gadus no vietas nodarbojies arī vietējā pagasta pašvaldībā kā tiesnesis un pagasta tiesas priekšsēdētājs. Arī mani divi brāļi un četras māsas, resp., pēdējo vīri nodarbojas ar zemkopību [..] Pēc augstskolas beigšanas 1907. g. pavasarī es tūliņ iestājos par tiesamatu kandidātu Kauņas apgabaltiesā (jo Rīgas apgabaltiesā nebija nekādas cerības 2–3 gadu laikā dabūt kaut viszemāko algu). [..] 1920. gada beigās ar sava pagasta ļaudīm, kuri turpat – bij[ušajā] Morozova muižā kopējiem spēkiem (komūnā) apstrādāja bij. Muižas zemi, atgriezos savā dzimtenē. [..] Kas attiecas uz manu materiālo stāvokli, tad, vēlēdamies pēc manu vecāku nāves palikt iemīļotās dzimtās vecāku mājās, es tās, apm. 28 ha, pārņēmu savā rīcībā, atmaksājot brālim Ls 1500, bet māsai – Ls 700. Šeit es uzcēlu dažas lauksaimniecības ēkas un atremontēju dzīvojamo ēku, ieguldot tanīs gandrīz visus tos līdzekļus, kurus man, taupīgi dzīvojot, izdevās atlicināt no savas algas. Patlaban daudz rūpju un materiālu līdzekļu prasa mana vienīgā dēla (meita 24 g[adu] v[ecumā] nomira 1937. g.) Jāņa Ilmāra ārstēšana, kuru viņa grūtās slimības dēļ (hronisks nieru iekaisums) uz ārstu kategoriskiem aizrādījumiem biju spiests nosūtīt sievas pavadībā (viņam tad bija tikai 13 g.) uz kontinentālo Ēģipti (Kairas pils[ētas] tuvumā).” (LNA LVVA, 1536. f., 2. apr., 90. l., 10.–11. lp.)