Pirmā baznīca celta reizē ar Bērzaunes pili 1340.gadā, tagadējā altāra telpa iespējams saglabājusies no tiem laikiem. 1594. baznīcas grīdā iemūrēts Bērzaunes muižas īpašnieka Johana fon Tīzenhauzena un viņa sievas Annas Kurselas kapakmens, kurš ir valsts nozīmes mākslas piemineklis. 1694 Kārlis XI licis par jaunu celt baznīcas telpas. 1851. gadā uzcelts jaunais tornis, baznīcā 160 sēdvietas.Par lielākajām pārbūvēm vēsta arī baznīcas fasādē iestrādātie ģerboņi un gadskaitļi 1694., 1894. un 1928. Dievnama vecākā daļa ir viens no nedaudzajiem gotikas laika arhitektūras pieminekļiem Latvijā. Vecā baznīcas iekārta gājusi bojā reizē ar baznīcu 1944.gadā artilērijas apšaudē. Otrā pasaules kara beigās baznīca pilnībā izdega.