Jean-Baptiste Bagaza (29. augustil 1946 Rwanda Murambi – 4. mai 2016 Brüssel) oli Burundi poliitik. Ta oli Burundi president 1976–1987.

Ta oli tutsist ohvitser. Sai võimu sõjaväelise riigipöördega 1976. aastal. Aeti riigist minema Pierre Buyoya poolt aastal 1987.

Pärast seda elas (1987–1993 Ugandas). Kui Buyoya teise riigipöörde kavandamise eest ta koduaresti pani, põgenes ta 1998. aastal taas Ugandasse.

Naasis riiki juunis 2002, lubades parandada Burundi, Aafrika ühe vaeseima riigi majandust.

Vabastati pärast kuue kuu pikkust koduaresti 4. aprillil 2003.